הפינוי בבית הכנסת בעמונה, שהיה המעוז האחרון של מתבצרי המאחז הפך לאלים, כאשר השוטרים הותקפו על ידי הצעירים המתבצרים במקום בחומר חומצתי, בגז מדמיע ובמטפי כיבוי. חמישה שוטרים נפצעו באורח קל בפינוי האלים. כוחות הביטחון הגיבו גם הם לפי הדיווח באלימות כלפי המתפרעים.
לאחר שפונה בית הכנסת והסתיים למעשה פינוי המאחז, נראו כתובות שרוססו על קירותיו. בין היתר נכתב: "מוות לציונים", "דש מהגבעונים", "ציונאצים","משטרת ישמעאל" כמו כן צויר צלב קרס.
התרעות פיקוד העורף