בהחלטתם ציינו השופטים כי נוכח עמדתה הנוכחית של הפרקליטות הסדר הטיעון נחתם עם הרב מצגר לאחר שנתגלו קשיים ראייתים להוכחת אשמתו וזאת נוכח העובדה כי החקירה הסתמכה כולה על עדותו של עד המדינה, אשר בינו לבין העדים האחרים היו פערים בעדויות.
השופטים קבעו כי עצם הודאתו של הרב בעבירות והעובדה שחסך מזמנו של בית המשפט ולא ניהל הליך משפוטי יש בה משום תחילת תהליך של טיפול, ןמשום כך הם סבורים כי טעה בית המשפט המחוזי שהתערב בצעד חריג ולא קיבל במלואו את הסדר הטיעון.
רק מהטעמים הללו החליטו כאמור השופטים לקצר את תקופת המאסר. יחד עם זאת טענו השופטים כי העובדה שהם מאמצים את הסדר הטיעון אין בה כדי לבטל את הסלידה ושאט הנפש ממעשיו החמורים של הרב מצגר ולמנוע את הגינוי ואת הקלון שדבק במעשיו.