חקירת המח"ש החלה בעקבות מידע שהגיע ולאחר בירור הפרטים הוחלט על פתיחה בחקירה, במהלכה הגיעו החוקרים גם אל הקטינים והנחקרים, גבו מהם עדויות ולאחר מכן עיכבו לחקירה את שלושת השוטרים שנחקרו ושיתפו פעולה.
עוד גבו החוקרים עדויות משוטרים אחרים בתחנה ומסתבר כי שני האירועים החמורים התרחשו בפרק זמן קצר יחסית וכי נעשה ניסיון להסתיר את שהתרחש בתחנה. עם סיום החקירה שוחררו החשודים בתנאים מגבילים, לרבות מעצר בית. החקירה נמשכת.