במסגרת החקירה נחקר גיל שפר באזהרה בגין חשד לביצוע עבירות של מעשים מגונים וכליאת שווא, נגבו עדויות ובוצעו פעולות חקירה מגוונות. עם סיום החקירה העבירה המשטרה לפרקליטות מחוז תל אביב את כלל הממצאים והחומרים שנאספו.
יו״ר ועדת הפנים של הכנסת, ח״כ דוד אמסלם, הגיב להחלטת הפרקליטות על סגירת התיק נגד שפר, ואמר: "לפני כמעט שנה הודיעה המשטרה כי יש תשתית ראייתית להגשת כתב אישום נגד גיל שפר, ראש הסגל לשעבר במשרד ראש הממשלה. מאז שמו הוכפש בתקשורת פעם אחר פעם וחפותו נשללה ממנו בעל כורחו. היום, מתברר שהכל נגמר בכלום. זאת בדיוק הסיבה שאני מבקש לתקן את המעוות ולמנוע מהמשטרה לפרסם המלצות הפוגעות באנשים חפים מפשע עוד בטרם התברר עניינם".
התרעות פיקוד העורף