בעת שבר יוסף כיהן כסגן ראש המל"ל, ובמהלך הליך בחירתו לתפקיד ראש המל"ל בפועל, נדרשה משטרת ישראל לקיים חקירה פלילית אודות פעילותו אשר העלתה כבר בתחילתה חשדות לביצוע מעשים חמורים שהתרחשו בעת שכיהן בתפקיד סגן ראש המל"ל ובתקופה שחפפה להליך ההחלטה למנותו לראש המל״ל.
על פי החשד, בר יוסף קיבל שוחד מאיש עסקים מגרמניה שהשקיע מאות אלפי אירו בחברה הנמצאת בבעלות קרובת משפחה של בר יוסף. לכך הצטרפו הטבות נוספות שוות ערך וכן הבטחות עתידיות. בתמורה, קידם החשוד אינטרסים עסקיים של איש העסקים הגרמני, בין היתר, ב"וועדת צמח" שדנה במתווה הגז.
על פי החשד, בר יוסף, בהיותו המשנה לראש המל״ל, פעל בניגוד לחוק תוך כדי ביצוע עבירות של לקיחת שוחד, מרמה והפרת אמונים ועבירות לפי חוק איסור הלבנת הון וזאת תוך כדי שיתוף והסתייעות באחרים.
התרעות פיקוד העורף