בשירות בתי הסוהר (שב"ס) יעבירו דיווח על התנהגותו של היילו במהלך שבע שנות המאסר שהוא מרצה בינתיים ועל פי הידוע לא יהיו שם הערות חריגות והתנהגותו הינה כשורה תוך שהוא עובר גם מסגרת טיפולית. בפרקליטות טרם גיבשו את החלטתם בעניינו אולם לא מן הנמנע כי יהיה זה מאבק מוחות בין הפרקליטות לעו"ד אייזנברג המנהל את מאבקו של היילו כבר שבע שנים ברציפות.
בבקשה לשחרורו המוקדם מציין עו"ד אייזנברג כי "מרשי היילו ראוי לשחרור וזאת ברוח החלטת הנשיא וברוח החתימה של 65 חברי הכנסת וכן לאור העובדה שהוכחתי שהוא קורבן. הגיע הזמן שהפרקליטות תרים ידיים ודגל לבן ותשחרר אותו. אני חושב שהפרקליטות מהיום הראשון כשהגישה נגדו כתב אישום רצתה שיושת עליו מאסר עולם.
"גם כשהוכחתי שהמנוח אנס את מרשי על סמך ראיות נסיבתיות הם עדיין לא האמינו לזה וביקשו לגזור עליו עונש של 30 שנים. אני חושב שבהמשך לכך שבית המשפט העליון המיר את ההרשעה מרצח להריגה והפחית את העונש ל-12 שנים, ובהמשך לזה שבקשת החנינה השנייה שלי התקבלה אז אני מאמין שגם בפרקליטות צריכים להפסיק להילחם בעמדת הציבור שרוצה את יונתן היילו בחוץ".
כזכור ב-2010 הוגש נגדו היילו כתב אישום שייחס לו עבירת רצח של ירון היילין. המשטרה והפרקליטות דחו את טענותיו לפיהן נפל קורבן למעשי אונס מצידו של המנוח. ב-2014 בית המשפט המחוזי קיבל את טענות עו"ד איזנברג על סמך ראיות נסיבתיות, קבע שהיילו הוא קורבן, אולם השית עליו עונש מאסר של 20 שנים. ב-2016 בערעור לבית המשפט העליון נתקבל תקדים עם קבלת הטענה לקינטור מתמשך. השופטים החליטו לזכותו מעבירת רצח ולהרשיעו בעבירת הריגה כשהם קוצבים את עונשו ל-12 שנות מאסר.
מיד אחרי קבלת גזר הדין בעליון הגיש פרקליטו עו"ד אייזנברג, בקשת חנינה ראשונה לנשיא ראובן ריבלין, שנדחתה על ידו, אולם שלושה חודשים לאחר מכן הגיש הפרקליט בקשת חנינה שנייה שנתקבלה על ידי הנשיא ריבלין, שקבע כי יותר לו לעלות כבר עתה לוועדת השחרורים ולא להמתין שנתיים נוספות מאחורי סורג ובריח.