במח"ש רואים חשיבות עליונה בעבודת המחלקה ומציינים כי טיפול במישור הפלילי בכ-250 תיקי חקירה כשמדובר בארגון כמו המשטרה הפועל רוב הזמן בנורמות ראויות נורמטיביות, יש בו משום הוכחה לאכיפה משמעותית ואפקטיבית. בדוח השנתי מצוין כי אחוזי ההרשעה של שוטרים בתיקים פליליים שהתבררו בבית משפט, עומד השנה על 85%, כאשר רק 3% מהתיקים הסתיימו בזיכוי.
"מח"ש הגישה השנה בממוצע כחמישה תיקים פליליים או משמעתיים נגד שוטר אחד או יותר מדי שבוע ובסך הכול כ- 250 תיקים פליליים או משמעתיים. תיקי מח"ש רבים אלה, המועברים ומדווחים למשטרה, אמורים לשמש את פיקוד המשטרה בהרחקת שוטרים שסרחו, ב'ניקוי השורות', בזיהוי מוקדים עברייניים, בהדחת מפקדים כושלים, בזיהוי תופעות פסולות או כשלים מערכתיים, ולהעניק לפיקוד המשטרה פלטפורמה יעילה להכוונת התנהגות שוטרים, הדרכתם וחינוכם, תוך יצירת הרתעה פנים-ארגונית אפקטיבית".
"בתיקי מח"ש בוחנת המערכת את עצמה. אכן, בתיקים אלה היא עשויה לתבוע מחיר מבניה שלה, ולעיתים יכול שיהיה זה מי מבכירי בניה. ברם, רק אכיפה מקצועית, ללא משוא פנים, בתיקי מח"ש, תבטיח את אמון הציבור במשטרה ובפרקליטות כאחד, ואת עיקרון ה"שמירה על השומרים", הוסיף.
פרשה נוספת היא פרשת ניצב רוני ריטמן ראש הלהב 433 במשטרה שנחשד בהטרדה מינית של קצינה ששירתה תחת פיקודו. פרשה זו עדיין ממשיכה להדהד במחלוקות בין שני הגופים ולאחרונה אף נחשפו קלטות שהצביעו על חשדות להתנהלות בלתי תקינה בלשון המעטה בקרב חוקרים בכירים במח"ש.
התרעות פיקוד העורף