לצד אלה, נמצאו חוסר היערכות לעליה במספר הסטז'רים ואוזלת ידם של משרד הבריאות, המל"ג ופורום הדיקאנים בהסדרת ההפעלה של תקופת הסטאז', כשל בתכנון מקומות להתמחות (כאשר משרד הבריאות, למרות שמודע למצוקה, לא נקט פעולות כלשהן למניעתה או לצמצומם), התמחות לא מספקת במסגרת הקהילה ואילו בנוגע לאיכות לימודי הרפואה, נמצא שהמל"ג התעלמה מההמלצות של ועדה בינלאומית מקצועית שהקימה בשנת 2014 שנועדה לייעל ולשפר את מערך ההכשרה הרפואית.
בתחום מערך האשפוז בבתי החולים הממשלתיים לבריאות הנפש: אף על פי שתמהיל המטופלים שנותר באשפוז נעשה מורכב יותר, אלים יותר, מתאפיין בתפקוד נמוך, בתחלואה כפולה וקשה יותר לטיפול ביחד לשנים עברו, נמצא שעדיין חסרים כוח אדם ומיטות ייעודיות, ומשרד הבריאות לא פעל לתִקנוּן המתאים לדרישות של טיפול ראוי ומכבד בנכי הנפש המאושפזים, כאשר עלו ממצאים חמורים בנוגע לטיפול בנכי הנפש, בשיקומם ובשמירה על זכויותיהם. עוד צוין שמשרד הבריאות לא פעל להסרת רבים מהליקויים שעלו בדוחות קודמים ואשר מסכנים את המאושפזים וצוותי הטיפול במחלקות הפסיכיאטריות (בצד זאת צוינה לחיוב "עבודתם המסורה של הצוותים הרפואיים, הסיעודיים והפרה-רפואיים העוסקים בטיפול בנכי הנפש המאושפזים בבתי החולים הפסיכיאטריים").
בתחום העישון והמאבק למיגורו: משרד המבקר התייחס לנושא כשכל העת מונחים לנגד עיניו הגדרת ארגון הבריאות העולמי את העישון כגורם המוות הגדול ביותר הניתן למניעה, והנתון המדאיג לפיו בשנת 2016 נפטרו בישראל כ-8,000 בני אדם מתחלואה שנגרמה מעישון, כ-800 מהם עקב חשיפה לעישון כפוי (פאסיבי).
הליקויים העיקריים שנמצאו כוללים יישום חלקי בלבד של המדיניות הממשלתית בעניין המאבק בעישון; ליקויים בקבלת החלטות מקצועיות במשרד הבריאות, כמו אי החלת חוקי הטבק על סיגריית ה-IQOS וסיווגו כמוצר שהחוק להגבלת הפרסומת והשיווק אינו חל עליו, בקשת אי החלת פטור ממס על מוצרי טבק בטיסות פנים-ארציות; פעילות דלה של קופות החולים למניעת עישון; ליקויים באכיפת החוק למניעת עישון במקומות ציבוריים (ביקורת שמופנית הן לרשויות המקומיות והן לבתי חולים ממשלתיים, שם לא מונו סדרנים לאכוף את העישון).
בתחום העישון בפרט סופג סגן שר הבריאות הרב יעקב ליצמן ביקורת, בין היתר על האישור שנתן על דעת עצמו ב-2013 (עת כיהן כשר) לחברת פיליפ מוריס לשווק בישראל חבילות של סיגריות הארוזות באריזות צלופן שקופות שאינן מכילות את האזהרה "העישון הורג" - בניגוד לנדרש. צוינו לגנאי גם הפגישות שניהל ליצמן יחד עם בכירי משרד הבריאות מול נציגי חברות טבק ללא דיווח לציבור.
גם שר האוצר משה כחלון ספג ביקורת על העיכוב בהחלטות על מיסוי מוצרי טבק מסוימים, וכך גם משרד החינוך מצוין לגנאי על העדר מספק של פעולות הסברה, מניעה ואכיפה במערכת החינוך. לעומת זאת, משרד מבקר המדינה מציין לחיוב את הרמטכ"ל גדי אייזנקוט על חזון של "צה"ל נקי מעישון", אף שהיישום חל רק בחלק מהבסיסים בשלב זה.
התרעות פיקוד העורף