התלונה נגד נפתלי הוגשה במאי 2015, ועניינה טענתה של עובדת במעון, סבטלנה גורודצקי, כי נפתלי הטריד אותה באירועים שונים במהלך 2011-2012 ואף ביצע בה מעשים מגונים, עת הועסקה במעון ובעת שנפתלי שימש כאב הבית במעון. נפתלי הכחיש את הדברים. המשטרה חקרה את התלונה וכן חקרה חשד לשיבוש הליכי חקירה על-ידי נפתלי ואשתו, חשד שעלה במהלך החקירה. בין השניים אף נערך עימות במשרדי להב 433.
עם תום חקירתה הועבר התיק לפרקליטות מחוז ירושלים, שבחנה את התיק, ואף בוצעו בו השלמות חקירה מספר פעמים. בסופו של דבר קובע פרקליט המדינה בהחלטתו, בהתאם להמלצת פרקליטות המחוז, כי בהעדר תימוכין בראיות חיצוניות לתלונה של ס', לצד קשיים נוספים שעלו בחומרי הראיות - לא ניתן להוכיח את הדברים ולבסס סיכוי סביר להרשעה בתיק, בעבירת הטרדה מינית, ברמה הנדרשת במשפט פלילי.
התרעות פיקוד העורף