על הפרסומים סביב פרשת הצוללות אמר: "בוודאי שרה"מ ימסור עדות, לא כנחקר ולא כחשוד. לא יכולה להיגמר חקירה אם לא כולם מסרו את גרסתם".
אלשיך טען כי "הנחקרים מגחיכים את תכני החקירה. אתה מגחיך את הנושא שאתה נחקר כדי שלא ישפיע עליך לשלילה. לפעמים מדליפים שאלה תשובה שאלה תשובה. מישהו רוצה להראות שהמשטרה מדליפה כדי להתגונן ציבורית. לא הוספתי מילה בראיון ב"עובדה" שלא אמרתי לפני שנה. אמרתי אותם מילים במדויק ולא יחסתי לרה"מ שום דבר שיש גורמים שרחרחו סביב חוקרים שעוסקים בתיקים. בעיני זה לא לגיטימי. יצאתי ציבורית כדי לתת גיבוי לחוקרים".
"אין חקירה שמתנהלת יותר עם איזונים ובלמים מאשר חקירת איש ציבור ברמה הלאומית", ציין המפכ"ל, "כלומר, אין פעולת חקירה בלי שבוחנים אותה גם החוקרים גם פרקליטה מלווה וגם פרקליט המדינה. מדובר בחקירות המתנהלות ברגישות המקסימלית בצדק רב. הן מלוות ברמה הדוקה. הכל מתנהל בדיונים בשולחנות הכי גבוהים. לכן השערות אלה מקומן לא איתנו. אנו עובדים במערכת מאוזנת ורגישה. כל פעולה נבחנת בשיקול דעת של כלל הגורמים. בצורה כזו היכולת לזהם חקירה קטנה. הראיון ב"עובדה" לא עשה מניפולציה והביא דברים בצורה נכונה ומדויקת".
התרעות פיקוד העורף