על פי כתב האישום שהוגש באמצעות עו"ד יואב קישון, במהלך שנת 2017 הצטרף הנאשם למוג'הידין, שהינו פלג של ארגון חללי אל אקצה, לאחר שהובטח לו סיוע כספי למשפחתו. הנאשם השתתף בפעילות דתית של המוג'הידין ובאימונים צבאיים שנועדו להכשיר את משתתפיהם ללחימה נגד ישראל. בסוף שנת 2017 הצטרף הנאשם לפעילות שמירה חמושה (ריבאט) מטעם המוג'הידין והשתתף בשמירות כשהוא חמוש ברובה קלצ'ניקוב ומחסנית, במטרה להילחם בכוח צה"ל אם יגיע לאזור.
עוד עולה מכתב האישום כי ב-14 במאי הוא יצא להשתתף בצעדת השיבה שהתנהלה מול גבול ישראל באזור סג'עיה שברצועת עזה. במקום התקהלו כ-10,000 אנשים, חלקם טיפסו על חומת מעבר גבול קרני וניסו להשחית את השערים של מעבר הגבול. כאשר השתתף הנאשם בהתפרעות בקרבת הגבול, התקשרה אליו אמו ואמרה לו כי ביתה של מרים אחותה, תינוקת בת שמונה חודשים בשם לילא אל ג'נדור הלכה לעולמה עקב מחלת דם, שככל הנראה דומה למחלה שגרמה למותו של אח אחר של התינוקת, סלים אל ג'נדור, שמת בשנת 2017 בגיל דומה.
מאוחר יותר נודע לעומר כי דודתו מרים ובעלה אנואר סיפרו לתקשורת כי לילא מתה עקב שאיפת גז מדמיע שפיזרו חיילי צה"ל במהלך ההפגנות באזור הגבול, דבר שאינו אמת, וזאת משום שבכיר חמאס, יחיא סנואר, שילם להם 8,000 שקלים כדי שיטענו כך.
אישום נוסף מייחס לו כי ב-28 במאי הצטרף הנאשם לפעילים נוספים מתנועת המוג'הידין במטרה לחתוך את גדר הגבול, להיכנס לישראל שלא כדין ושלא דרך מעבר גבול, לשרוף עמדת שמירה בלתי מאוישת של צה"ל, לעשות בידיהם סימן ניצחון ולצלם את האירוע. תפקידו של הנאשם היה להיות תצפיתן בזמן האירוע. הנאשם ושניים אחרים יצאו לאזור הגבול, כשהאחרים נושאים עמם מספריים לחיתוך תיל ובקבוק בנזין, וכן מצלמת ווידאו.
השלושה הגיעו לגבול, אך לא הספיקו להוציא לפועל את תכניתם לאחר שחיילי צה"ל הבחינו בהם ופתחו לעברם באש. הנאשם ואחד הפעילים שהיה עמו נעצרו ע"י צה"ל. במקביל להגשת כתב האישום בקשה הפרקליטות להורות על מעצרו של הנאשם עד תום ההליכים נגדו.
התרעות פיקוד העורף