בתחילת החקירה ביקש התובע, סא"ל (מיל') נדב וייסמן, לטעון כי חוות דעת של הקצינים הבכירים נכתבו למעשה על ידי עורכי הדין של אזריה. הוא שאל את זכאי אילו חלקים בחוות הדעת שהגיש הוא כתב בעצמו ואילו נכתבו על ידי עורכי הדין. הקצין ענה כי עבר על חוות הדעת של הסנגורים ותיקן אותה: "תיקנתי כל הדברים שקשורים להוראות הפתיחה באש".
לאחר מכן שאל התובע את זכאי על עברו הצבאי. זכאי: "העבודה שלי קשורה לכל העניין של אירועי טרור ואיך לטפל בפצצה ומתי צריך חבלן".
לדברי זכאי, ההנחה שהמחבל הפלסטיני בזירה היה מנוטרל אינה נכונה. הוא התייחס לטענה שהחיילים בפלוגה לא תודרכו כיצד להתמודד עם איום המטענים: "הדרך הצבאית אומרת שהמפקד צריך להגדיר את רמת הסיכון הנשקפת מאויב, ופה המפקדים נכשלו שלא הציגו האיום של מטען ופיגועים משולבים".
בעדות המומחה שהגיש טרם עדותו, טוען זכאי שהתמונות העולות מן הסרטונים מוכיחות שהתביעה טועה: "העובדה שהמחבל זז ויכול היה להגיע להפעלת מטען מהווה עילה מעבר לספק סביר על קיומה של סכנה שמצדיקה פתיחה באש. כשבוחנים את מבחן הסבירות, הרי שהיה יסוד מקצועי לבצע ירי לנטרול המחבל".
בחוות הדעת שלו, הגדיר זכאי את התנהלות המפקדים בזירה "ברדק". "אין דרך אחרת להגדיר את הזירה כפי שנוהלה. שום בידוד, חיילים מסכנים את עצמם, צוותים רפואיים וחיילים אחרים. הנחיית המג"ד ממשיכה את הכשל הפיקודי. אין ואסור לפנות מחבלים בלי זיכוי חבלנים. האם יעלה על הדעת שהחייל ידע שהוא הולך לדין משמעתי ולאחר מכן יתבטא שר הביטחון, רמטכ"ל ודובר צה"ל בעניין זה - בהתבטאויות כמו 'החייל סרח, החייל התבהם'? הדברים בעיני מזעזעים. מדובר בפעילות שמחבלת ומחסלת כל אפשרות להליך שיפוט נקי".
לצד זאת, בית הדין קבע כי חלקים מחוות הדעת שכתב הפרקליט הצבאי הראשי, חלקים שאינם מתוך התחקיר המבצעי, יועברו להגנה. גם במקרה של עדותו של אלוף במיל' דני ביטון ניסו בהגנה לאזכר את אירוע שומר, אולם ברגע האחרון הוחלט להסיר את התייחסות העד המומחה בנושא. אלוף ביטון סבר כי דין אזריה כדין שומר, ואף ביקר את המערכת על ההחלטות שקיבלה בתיק של שומר.
סנגוריו של אלאור, עורכי הדין אייל בסרגליק, כרמית שחיבר, אילן כ”ץ ובן מלכא, מסרו בתגובה להחלטת בית הדין: “ההחלטה מקבלת את בקשת ההגנה באופן חלקי, במובן שיימסרו חלקים מעמדת הפצ"ר, למרות סירובו, בשל הדמיון בין המקרים. ההחלטה מאפשרת להגנה לפעול על בסיס חומרים אלו ולטעון על פיהם".
התרעות פיקוד העורף