בפרק השני בדו"ח שמתפרסם עוסק המבקר בכל הקשור להתמודדות עם איום המנהרות בהתמקדות בהתמודדות המודיעינית עם האיום, בבניין הכוח והפעלתו כנגד האיום, וכן בהתמודדות עם האיום במישור הטכנולוגי. כבר בשנת 2007 פרסם מבקר המדינה דוח שבחן את ההתמודדות של צה"ל עם איום המנהרות בשנים 2004-2001, כאשר צה"ל שהה ברצועת עזה. בדוח נקבע כי המצב שהיה היווה "כישלון מתמשך בטיפול בבעיית המנהרות". הפרק הראשון של דוח המבקר עסק בעיקר בתפקוד הקבינט ומתח ביקורת קשה על התנהלותו.
בביקורת הנוכחית נמצא כי אף שעוצמת האיום גברה בשנים שעברו מאז פרסום הדוח, ובשנת 2013 הוא אף הוכרז כאיום אסטרטגי, התגלו "ליקויים בכל מרכיבי ההתמודדות של צה"ל ומערכת הביטחון עם האיום בתחומים שנבחנו. לא נעשה מאמץ מספק לגבי האיום, וגם כאשר נעשה מאמץ, הוא היה מאוחר ולא נתן מענה, שייתכן כי ניתן היה להשיגו לפני מבצע "צוק איתן", אילו התקיימו מאמצים מוקדמים יותר".
בנושאי בניין הכוח והכנת התכניות המבצעיות קובע המבקר בדו"ח כי "נמצאו ליקויים מהותיים במוכנות של צה"ל. זאת בשל היעדרן של תפיסות מבצעיות מטכ"ליות ותורות זרועות וחיליות לפני מבצע "צוק איתן", בשל הכשרה לקויה ובשל הצטיידות חסרה באמל"ח, שנדרש לצורך ההתמודדות עם המנהרות, בשל היעדרן של תכניות מבצעיות ללחימה במרחב רווי מנהרות ולהתמודדות עמן תוך כדי לחימה, ובשל מוכנות נמוכה של זרוע האוויר והחלל לטפל באיום", כותב המבקר. "כל אלה הביאו לכך שכוחות היבשה והאוויר נאלצו להתמודד עם איום המנהרות במהלך מבצע "צוק איתן" בלא שהוכנו כראוי לכך".
כזכור, ערב היציאה למבצע, הובן גודל האיום ואז נשלפו התוכניות והפקודות למפקדים בשטח למצוא פתרונות. המבקר מותח ביקורת חריפה בנושא וכותב "רק הכנת תכנית של "הרגע האחרון" - "הגנה קדמית", עוז רוחם, תושייתם ויוזמתם של המפקדים והחיילים אפשרו לצה"ל להילחם במרחב רווי המנהרות ברצועת עזה, לחתור למילוי משימתם, לטפל כמיטב יכולתם במנהרות ולהגיע להישגים שהושגו במבצע זה".
המבקר מותח ביקורת חריפה על משרד הביטחון, על צה"ל והשב"כ, ומדגיש במיוחד חלק זה: "אדגיש במיוחד את ההתנהלות של מערכת הביטחון לפני מבצע "צוק איתן", שלא נתנה מענה מספק לצורכי הביטחון של תושבי עוטף עזה, המגלים תעצומות נפש במשך שנים אל מול התקפות מרצועת עזה. בביקורת נמצא שלא רק שמרכיבי הביטחון ביישובי עוטף עזה לא חוזקו בתקופה שלפני מבצע "צוק איתן", אלא הם אף קוצצו, לרבות היקף הכוחות להגנת היישובים".
המבקר קובע כי מדובר בהתנהלות חמורה שהפקירה את ביטחונם של תושבי הדרום: "הדבר חמור בעיקר נוכח היכולת המוגבלת שהייתה לצה"ל לפני המבצע לאתר את המנהרות ההתקפיות שחדרו מגזרת עזה לשטח ישראל", קובע המבקר. "הדבר פגע קשות בתחושת הביטחון של תושבי היישובים באזור עוטף עזה". המבקר ממליץ בדו"ח שלו כי מערכת הביטחון צריכה להפיק לקחים בנושא זה: "על מערכת הביטחון לעשות כל שנדרש כדי לחזק את התושבים ואת מעטפת הביטחון שלה הם זקוקים, ועליה להפיק את הלקחים מאותה התנהלות לקויה לפני מבצע "צוק איתן"".
דו"ח מבקר המדינה ידוע ככזה שעם פרסומו עונים המבוקרים בתגובה שבדרך כלל מסתכמת בכך שהמצב קיום לא כפי שהיה והגופים אך הפיקו לקחים. בשונה מן העבר, הפעם מבקר המדינה מסכם את הדו"ח החמור שלו בהמלצה חריגה: "אני ממליץ לכל הגופים המבוקרים והמעורבים לייחד את מאמציהם ללימוד הדוח ולהפקת לקחים ממנו, כדי לקדם את השגת תכליתו, שהיא שיפור תהליכי העבודה בכל הרמות, במטרה להיערך טוב יותר לאיומים קיימים ומתפתחים ולמערכה צבאית שעלולה לפרוץ, אף ללא התראה מוקדמת".
צה"ל בתגובה לדוח: "הושקעו למעלה משני מיליארד ש"ח מאז המבצע"