"אני מוכרח לומר שידעתי שיהיו לנו הרבה נפגעים, אבל כמות כזאת של פצועים אני מודה שלא חשבתי שיהיו לנו", אמר מרדכי (מוטה) גור שכיהן כמפקד חטיבה 55 שכבשה את העיר העתיקה במלחמת ששת הימים. בתחקיר שהתקיים לאחר הקרבות העקובים מדם של כיבוש ירושלים העתיקה הודה עוד: "יצאנו למלחמה עם כמות חומר מעטה מאד וחסרת גיוון". כך נחשף במסמכי ארכיון צה"ל ומשרד הביטחון, שהותרו לפרסום במלאת 50 שנים לשחרור ירושלים.
מהתחקיר שנערך למפקדים ולוחמים שהשתתפו בקרבות בעיר העתיקה ובגבעת התחמושת, עולה תמונה קשה של קרבות עקובים מדם וטענות על היעדר תחמושת, תכנון יעיל ומידע מודיעיני. "יש מחסור בתחמושת, מארגנים חיילים ירושלמים שמכירים את העיר, במטרה להצמיד אותם לכוחות, אך רגע לפני היציאה מישהו שחרר אותם לפלוגות בחזרה. הם יוצאים לדרך עם שניים בלבד שמכירים את האזור וכוח אחד אובד בדרך ויש עיכוב עד שהוא נמצא".
"גיורא (אחד מהמפקדים) אמר שהיה זה רגע בו פחד כפי שלא פחד בימי חייו" סיפר גלר, מפקד הפלוגה המסייעת בגדוד 66 של חטיבה 55, על הקשיים בקרבות בגבעת התחמושת ובבית הספר לשוטרים. עוד הוא סיפר בתחקיר על חיסכון בירי, בשל מחסור בתחמושת: "מוטה (מוטה גור) העלה את אשכולי (מפקד נוסף בחטיבה - מ"כ) ואמר שלא ירה, כי חבל על התחמושת".
גלר תיאר במילים נוקבות את מה שהוא וחבריו הלוחמים חוו בקרבות: "מיכה (מפקד נוסף בחטיבה) מספר שדבר לא היה ברור להם. החיילים ידעו רק שמדברים על פריצה, אך לא ידעו דבר, על תכנית מסודרת. הבונגולורים (מטענים) לא מתאימים למשימה שלהם, הנשק והתחמושת לא מותאמים למשימה בירושלים.
הקצינים הלוחמים תיארו במילים קשות את התחושות הקשות לנוכח הנפגעים הרבים בקרבות: "בשלב הזה (לאחר פיצוץ הגדר השנייה בגבעת התחמושת) אבדה לנו כמעט מחלקה שלמה", הם סיפרו – "על יד מוצב הפיקוד מתגלה עמדה עם ירדנים שלא מפסיקים לזרוק לעבר הכוחות רימונים. כל מי שהיה בתעלה היה למעשה פצוע או הרוג. גבי (מפקד נוסף בכוח) אמר שיש לו נפגעים ואין מי שילחם. קרב האש נפסק כאשר נזרק רימון לעמדה והמוצב עולה באש".
במהלך הקרבות, התקבלה הוראה לעלות למלון אמבסדור במזרח ירושלים, אך ללוחמים, שסבלו ככל הנראה מהיעדר מידע מודיעיני מספק, לקח זמן לזהות את המלון ולבסוף את הצליחו להשתלט עליו. "היה ברור אז, שגבעת התחמושת אינה נכבשת בקלות, כפי שחשבנו", סיפרו המפקדים. עוד עלה מהעדויות שתחנת איסוף הפצועים הגדודית (התאג"ד) התמקמה רחוק מאזור הקרבות הקשים בגבעת התחמושת, דבר שהקשה מאוד על פינוי הפצועים וההרוגים, בין המשתתפים בתחקירים היו יעקב חיימוביץ (יקי חץ) שלאחר הקרב קיבל את עיטור העוז וביום העצמאות האחרון הדליק משואה, ביחד עם שני לוחמים נוספים שקיבלו את עיטור העוז – יהודה קנדל ודוד שלום על הקרבות הקשים.
מהעדויות עולה שחץ הצליח לחסל את הצלף הירדני שהקשה על הלחימה. שלושת מקבלי עיטור העוז סיפרו שהיה מחסור בנשק ובציוד רפואי. החובש הפלוגתי יגאל ארד, שקיבל את עיטור העוז ונהרג במלחמת יום כיפור, סיפר שלא היה לו ציוד לפנות את הפצועים. רק לאחר שהלחימה נרגעה החל פינוי הפצועים עם סיוע של החיילים שסיימו את הקרב. בקרב ליד שער שכם, סיפרו מפקד המחלקה וסמל המחלקה, כי הטנקים לא מוכנים להתקרב לחומה והם יורים אש לא מדויקת. הפקודה היא להחזיק את המנזר ואת הצומת מול שער שכם. בתום המנזר ישנם חיילים ירדנים, הלוחמים של צה"ל שולחים נזיר שידרוש מהירדנים להיכנע. הם מסכימים בתנאי שחיילי צה"ל ירדו לקומות התחתונות. אחרי עשר דקות התברר שהירדנים ברחו.
עוד נטען על פקודות סותרות במהלך הקרבות. בכנס של מפקדים בשריון עלתה השאלה מדוע בכלל היו צריכים להכניס צנחנים לירושלים. מוטה גור הדגיש שמי שלחץ על עניין המלחמה בירושלים הוא עוזי נרקיס. ביקורות נוספות עסקו בשאלה מדוע לא נעזרו בסיוע אווירי ומדוע לא העפילו ארטילריה וטנקים.
בתחקיר סיפרו עוד המג"דים שגילו שיש יותר חללים משחשבו. גור מסיים בשבח לחטיבה, שנהגה באצילות כלפי השלל ולא נגעה בדבר וציין עוד את הטיפול הטוב בפצועים ובבני משפחותיהם לאחר המלחמה. מהמסמכים שנחשפו עולה עוד שבפיקוד העליון הפגינו ביטחון מלא. "הכל תקין. אתה תהיה ראש עיריית ירושלים המאוחדת", הבטיח נרקיס לראש עיריית ירושלים, טדי קולק – "בסיני יש לנו הצלחות פנטסטיות. השריון זז קדימה, הניצחון בטוח".
נרקיס אף ביקש להיערך לרגעים שלאחר כיבוש העיר העתיקה: "תדאג שיתלו דגל לאומי על ארמון רוקפלר. יש לדאוג שאצל מוטה גור יהיו דגלים". לרב הצבאי הראשי, שלמה גורן הוא אמר: "תכין שופר". עוד עולה מהתחקיר שבמהלך הקרבות, תותחים של צה"ל הפגיזו בטעות ופגעו בכוחות של הצנחנים באוגוסטה ויקטוריה. חיים בר לב הורה לנרקיס: "תיכנס לעיר העתיקה, אבל בשכל....שלא ייווצר מצב של העיר העתיקה כמובלעת כמו הר הצופים. השאלה היא איך ומתי וכמה תיקח את העיר העתיקה. במינימום אש ולא בהתפוצצות".
בהמשך מגיעות ידיעות על התמוטטות הצבא הירדני. נרקיס מבקש שמוטה גור יפסיק להפגיז את העיר העתיקה. הקשר של מוטה גור מודיע: "נגמרה הפגזת הרובע המוסלמי. נכנסים לשער האריות". בהמשך מודיע מוטה גור: "הר הבית בידנו". שר הביטחון משה דיין תוחב פתק לכותל עליו נכתב – "לו יהיה שלום על כל ישראל".
בהמשך הם מתארים כיצד הלוחמים טיהרו בונקר אחר בונקר. למרות שהטיהור לא נעשה במלואו, היה כוח שכבר המשיך לכיוון מוזיאון רוקפלר והעיר העתיקה.