החששות והדריכות בירושלים עם תפילות יום השישי בהר הבית התממשו רק באופן חלקי - עם עימותים מוגבלים בעיר וברחבי איו"ש, במהלכם נורו למוות שלושה צעירים פלסטינים. אלפי מוסלמים הגיעו היום (שישי) אל חומות העיר העתיקה כדי למחות נגד הצבת המגנומטרים בכניסות להר הבית וסירבו להיכנס למסגדים על ההר כל עוד הגלאים מוצבים במקום. למרות קריאת המופתי של ירושלים שלא להיכנס להר, המשטרה מוסרת כי עשרות מתפללים כן נכנסו למתחם והתפללו בו. בעיר פרצו כמה עימותים באזורים שונים, שבמהלכן שלושה צעירים פלסטיניים נורו למוות. כעשרה פלסטינים נעצרו בעיר. אלפי פלסטינים יצאו למחות ביהודה ושומרון, כשמוקדי החיכוך המרכזיים הינם אזור מחסום קלנדיה וחברון. צה"ל וכוחות מג"ב עצרו 17 אנשים.
מוקדם יותר עצרה המשטרה מספר בכירים פלסטינים, בהם ראש התנזים בירושלים, וזאת בגין אמירות שיש בהן משום הסתה. העצורים נמצאים כעת בחקירה ויבחנו הצעדים שינקטו נגדם. בראס אל עמוד פוזרו מפירי סדר שיידו אבנים לעבר הכוחות. הפיזור בוצע תוך שימוש באמצעים. כלל צירי התנועה שנסגרו בהם סולטאן סולימאן ואגן העיר העתיקה נפתחו והתנועה זורמת כבשגרה.
חבר הקבינט, השר ישראל כ"ץ, הבהיר בעמוד הפייסבוק שלו כי "הקבינט הביטחוני-מדיני החליט להמשיך ולהפעיל את כל האמצעים עליהם הוחלט בעקבות הפיגוע השפל, כולל השימוש בגלאי מתכות. משטרת ישראל אחראית ליישום מדיניות זו".
במסגרת היערכות המשטרה, ובעקבות הנחיות הדרג המדיני, החליטו במשטרה כי רק גברים בני 50 ומעלה יוכלו להיכנס לעיר העתיקה ולהר הבית. הכניסה לנשים תותר בכל גיל. בצד הבידוק הביטחוני, הדגיש מפקד מחוז ירושלים בפני כלל הכוחות הפועלים בגזרת המחוז את החובה לשמור על כבודם של המתפללים.