הפיגוע בוצע על ידי שלושה מפגעים, אזרחים ישראלים, תושבי אום אל פחם: מחמד אחמד מחמד ג'בארין, בן 29, מחמד חאמד עא לטיף ג'בארין, בן 19, מחמד אחמד מפדל ג'בארין, בן 18.
פרקליטות מחוז חיפה הגישה הבוקר לבית המשפט המחוזי בעיר את כתב האישום נגד ג'בארין בן ה-34 בגין ביצוע עבירות של סיוע לרצח, סיוע לחבלה של ממש , פעולה בנשק למטרות טרור (הובלה והחזקה) , שיבוש מהלכי משפט וקשר לפשע. וזאת על מנת לסייע למחבלים בביצוע הפיגוע בהר הבית, במהלכו נרצחו שני שוטרי משטרת ישראל ונפגעו שוטרים נוספים .
ממצאי החקירה העלו כי ההתארגנות התהוותה במהלך מפגשים במסגד "אלמלסאא" בעיר, שם שימש מחמד ג'בארין כאחראי ניקיון וכמואזין. עוד מתברר כי המסגד מעורב עם הפלג הצפוני של התנועה האסלאמית, שכזכור, הוצאה מחוץ לחוק לפני כשנתיים, ואף נמצאת בהגדרה של ארגון טרור. במקום נמצאו סרטונים, תמונות, וחומרי תעמולה, אשר מצביעים על קשר. ג'בארין אף פעל בעבר במסגרת ארגון "המראבטון", אשר הוכרז גם הוא כהתאחדות בלתי מותרת ב-2015.
במהלך חג הרמאדן דיברו המחבלים על האפשרות לבצע את הפיגוע, כשג'בארין היה נוכח בשיחה, ולקח בה חלק. תחילה התפתח ויכוח בין מחמד לחאמד באשר ליעד הפיגוע ומתווה ביצועו. מחמד הציע לבצע את הפיגוע לעבר מתנחל יהודי, ואילו חאמד הציע לבצע את הפיגוע במתחם "אל אקצא". בהמשך , נוכח הנאשם גם בשיחותיהם לגבי מתווה הפיגוע, ראה את הנשקים ששימשו לפיגוע, הסיע את המחבלים לאימוני ירי באותם נשקים ובשלב מסוים אף הוצע לו לבצע ביחד עימם את הפיגוע והוא סרב.
עוד עולה כי הנאשם נסע עם שניים מהמחבלים להר הבית, שם ראה כי הם בוחנים את מצלמות האבטחה. ובערב הפיגוע, ראה הנאשם את המחבלים מתחמשים במסגד "אלמלסה" באום אל פחם, לקראת ביצוע הפיגוע, והבין כי הם יוצאים לבצעו בהר הבית. הנאשם הסיע את המחבלים לנקודת ההסעה באום אל פחם ביודעו כי הם יוצאים לבצע את הפיגוע וכשהם חמושים בכלי הנשק ששימשו אותם בביצועו. כמו כן, עלה בחקירה כי המפגעים הסתירו את הנשקים מסוג קארל גוסטב עימם ביצעו את הפיגוע בארון בתוך אותו מסגד.
ממצאי החקירה של אמג'ד לימדו, כי כהכנה לקראת הפיגוע ביצעו המפגעים מספר אימוני ירי בכלי הנשק שהיו ברשותם באזור הררי הסמוך לאום אל פחם, וזאת בסיועו של אמג'ד, אשר אף נטל חלק באימון הירי באחת ההזדמנויות. אמג'ד אף סייע למפגעים והסיע אותם בליל הפיגוע מהמסגד לנקודת האיסוף לעלייה להר הבית, כאשר הם חמושים, תוך שהוא מודע לכך כי המפגעים מצויים בדרכם לבצע פיגוע. לאחר מכן אף העביר את חפצי המפגעים אשר נמסרו לו טרם הפיגוע למקום מסתור.
בגין מעורבותו המשמעותית בהוצאת הפיגוע אל הפועל מיוחסות לאמג'ד בכתב האישום שהוגש כנגדו ע״י פרקליטות מחוז חיפה, בין היתר, עבירות של סיוע לרצח ופעולה בנשק למטרת טרור.