מחקירתו של ג'מעה בשב"כ עלה כי תכנית הפיגוע הייתה כי סירה אחת תשמש לצרכי הטעיה, כך שבשעה שספינת חיל הים תפנה לעברה, הסירה השנייה תתקוף את הספינה ותשגר לעברה בה בעת טיל מסוג קורנט, במגמה לגרום לפציעה והרג של החיילים שעל סיפונה. הסירה השלישית תתקרב בשלב זה לספינת חיל הים במטרה לחטוף את החיילים שעליה לטובת חילופי שבויים.
הג'יהאד האסלאמי תכנן לתקוף ספינת חיל הים בעזרת טילים, ולחטוף חיילים
הותר לפרסום כי כוחות הביטחון עצרו בחודש שעבר חוליה של 10 פלסטינים שתכננה פיגוע בספינה, שכלל ירי טילים וחטיפה של הצוות שעל סיפונה
התרעות פיקוד העורף