במשך כשנתיים התנהלה החקירה תחת מעטה סודיות עד שנחשפה עם גל מעצרים של 24 מעורבים וחשודים. החקירה העמיקה יותר והחוקרים ביצעו מעצרים ועיכובים נוספים שגלשו עד שהגיעה לעמותות ציבוריות וביניהן כאמור תנועת הנוער ''עזרא''. את האישור לחקירה נתן היועץ המשפטי לממשלה יהודה וינשטיין שגם ליווה את החקירה בשל רגישותה הציבורית.
התפתחות בפרשת ישראל ביתנו: גובשה תשתית ראייתית נגד החשודים
ההערכה היא כי בין המוזמנים החדשים יימנו גם חברי כנסת מסיעת הבית היהודי הקשורים לתנועת הנוער "עזרא", אשר שמה עלה במהלך החקירה
התרעות פיקוד העורף