מעמיק הקרע בין ראש הממשלה בנימין נתניהו לשר החינוך נפתלי בנט סביב ההחלטה על נקיטת פעולה לגביי מנהרות החמאס. בין השניים התגלע ויכוח בדיון ממודר בקבינט המדיני בטחוני. השר בנט הציע לבצע פעולה יזומה נגד מנהרות הטרור של חמאס שנחפרות לעבר ישראל ולא לחכות לתוצאות החפירה או לפיגוע. 

ראש הממשלה נתניהו ושר הבטחון משה בוגי יעלון התנגדו למהלך ודחו אותו על הסף. לאחרונה נתניהו ויעלון הבהירו במספר הזדמנויות כי  "בעניין הזה צריך לגלות שיקול דעת ואחריות" והשוו מהלך זה לתקיפת טילי חיזבאללה או יציאה לתקיפה של הגרעין האיראני. 

בלשכת בנט אמרו כי הם אינם מגיבים וכי בין ראש הממשלה לבנט יחסים טובים ותקינים. בלשכת ראש הממשלה אמרו בתגובה: "אנחנו לא מתייחסים לדיוני קבינט בכלל ותכניות מבצעיות של צה"ל בפרט. כדאי שכל השרים יגלו אחריות ולא ינסו לקושש קולות בתדרוכים פוליטיים שטחיים, שאינם משקפים את הדיונים המעמיקים והאחראיים בקבינט".
 

בשבוע שעבר העביר מבקר המדינה, השופט בדימוס יוסף שפירא, לנתניהו, יעלון ולרמטכ"ל איזנקוט טיוטת דוח בנושא היערכות מערכת הביטחון לאיום המנהרות. הטיוטה הועברה בצל החשש הגובר ביישובי עוטף עזה מחפירת מנהרות התקפיות לשטח ישראל.
 
למרות שהדוח טרם הושלם, השופט בדימוס יוסף שפירא הורה להעביר כבר בשלב זה את הטיוטה, וזאת "נוכח הדחיפות המסתמנת בנושא המנהרות בכל החזיתות". ממשרד המבקר נמסר כי טיוטת הדוח מצביעה על "פערים וליקויים, חלקם חמורים, בהיערכות לאיום המנהרות והטיפול בהן". הדוח עוסק בשנים שקדמו למבצע "צוק איתן" ובמהלך המבצע עצמו.