בצה"ל הגיבו לפניית גל"צ בנושא וציינו כי "התחקיר במלואו ומסקנותיו הוצגו בפני שר הביטחון הקודם משה (בוגי) יעלון". לאחר מכן, נמסר מלשכתו של השר לשעבר יעלון כי "מדובר בתחקיר צה"לי פנימי. הקבינט אמור לעסוק בעניינים אסטרטגים ולא בהפקת לקחים פנימית של הצבא. תמצית מהמסקנות אוזכרה בקבינט, אבל רק ברמת אזכור ולא מעבר לכך".
"ערב המבצע היו המנהרות ההתקפיות עבור רוב מפקדי הכוחות המתמרנים בחזקת נעלם", נכתב בסיכום התחקיר הצה"לי. "הייתה הכרה של האיום, אך עוצמתו וממדיו לא נתפסו". על הלחימה מול ארגון החמאס, לחימה שאינה קשורה באופן ישיר למנהרות הטרור, קבעה הוועדה הצבאית כי "מערכי הפיקוד והשליטה של האויב והמערך הרקטי שלו פעלו ברצף עד ליום האחרון. מספר הנפגעים בעיקר בקרב חמאס היה נמוך ביחס לעוצמת האש שהופעלה". מדובר בדברי ביקורת חריפים מצד הוועדה, שקובעת שצה"ל לא נערך היטב ללחימה מול החמאס ועוצמתו לא הייתה מספיק חזקה.
מדובר צה"ל נמסר בתגובה אמש למעריב בעקבות הפרסום: "מיד לאחר מערכת צוק איתן, מינה הרמטכ״ל דאז רא״ל (מיל׳) בנימין (בני) גנץ, ועדה בראשות אלוף יוסי בכר, לצורך תחקור מערכת ההכנה וההתמודדות של צה״ל עם איום המנהרות. כלל לקחי הוועדה הובאו לידי ביטוי בתוכניות העבודה של צה"ל בכלל ושל פיקוד דרום וזרוע היבשה בפרט. עד כה, מומשו מרבית הלקחים ביניהם הגדלת כמות היחידות שמוכשרות להתמודד עם התווך התת קרקעי, הקמת תשתיות להכשרה ואימונים ותיקוף תורת הלחימה הצה"לית בתחום. נושא ההתמודדות עם התווך התת קרקעי נמצא כיום בראש סדר העדיפויות הצה"לי ומושקעים מאמצים רבים הן בבניין הכוח, הן בתכניות המבצעיות והן בפעולות בשטח כדי לספק מענה מיטבי לאיום".
התרעות פיקוד העורף