לאחר מכן התייחס נתניהו בשנית לנושא ואמר בפתח ישיבת הממשלה: "כראש ממשלת ישראל מקדיש את זמני להבטחת בטחונה של ישראל. העיקרון שמנחה אותי ברור, שישראל תגן על עצמה בכוחות עצמה מול כל אויב ובכל מרחב. ביטחון ישראל מחייב רכש צוללות וחידוש הצי, אלה מערכות נשק אסטרטגיות שמבטיחות את קיומה של המדינה לעשרות השנים הבאות. חיזוק בטחונה של ישראל זה מה שהנחה אותי ברכש הצולות וזה השיקול היחידי שמנחה אותי תמיד ואין בלתו".
עוד הוסיף השר אלקין: "אנחנו לא קובעים ליועץ מה שיבדוק אף אחד לא מנסה להכתיב לו מה לבדוק, זה ניסיון להכפיש. היה ויכוח אמיתי על נושא הצוללות והוויכוח הוכרע גם בתוך מערכת הביטחון. הניסיון להכניס שיקולים זרים לא מקובל. נתניהו מנהל את המדינה והפרשה הזאת היא כזאת - מי שניסה לנצח את נתניהו בקלפי ולא הצליח - מנסה בזירות אחרות".
התרעות פיקוד העורף