ד"ר ארנון ייצג בבג"ץ חלק מתושבי עמונה וטען כי בדיון כי "עמונה לא הוקמה ע"י בריונים באישון לילה אלא ביוזמת הרשויות על דעתם ובמימונם, נכון שנפלו פגמים בהקמה ולא תמיד נחתמו חוזים ולא הקפידו על הזכויות בקרקע אבל המדינה הקימה והיום מתנערת מכך. המשפחות שנמצאות כאן אותן המדינה שלחה לשם, זה לא מאחז אלא ישוב".
עוד טען בבית המשפט כי "לא סתם אין עותרים קונקרטיים, יש יסוד להניח שחלק ניכר מהקרקעות הם של נכסי נפקדים והמדינה טרם מיצתה בירור של הליך זה. למדינה גם יש סמכות להחכיר קרקע תוך שהיא שומרת את הפירות לבעלים אם ישובו. העמדה שמדובר בקרקע פרטית אין בה כשלעצמה להחריב את עמונה. המשיבים מבקשים לרכוש את הקרקע מבעליהם אך המדינה לא נותנת להם ומצד שני אומרת שצריך להסדיר והיא לא נותנת להם. דווקא בחלקים שיש עותר קונקרטי מגיעים להסדר כלכלי ואיפה שאין עותר קונקרטי ולא חושפים את שם הבעלים שם מבקשים הריסה".
בחוות דעת שחיבר, הוא שרטט את השינוי שחל בעמדותיה המשפטיות של המדינה ביחס לשטחי יהודה ושומרון, תיאר את השתלשלות הענינים המשפטית והבהיר כי המאבק על יהודה ושומרון אינו משפטי כי אם פוליטי. "מבחינה משפטית ברור כי למדינת ישראל יש את כל היכולת להגן על החזקתה בשטח", כתב.
כזכור, היועמ"ש מנדלבליט הודיע כי לא יגן על חוק ההסדרה בפני בג"ץ משום שלטענתו החוק אינו חוקתי, זאת למרות שעבר מספר תיקונים בתהליך החקיקה בכנסת. לדבריו הוא חושש שהחוק יזרז את הבדיקה המקדימה שמתנהלת כיום נגד ישראל בבית הדין הפלילי הבינלאומי בהאג ושהבדיקה בעניין ישראל עלולה להפוך לתביעה.
התרעות פיקוד העורף