שפירא ציין בהחלטתו להטיל את הקנס הגבוה על הליכוד, כי הסיעה נהנתה מקיום אירוע "הליכודיאדה". הוא הזכיר, כי האירוע הוצג, תוך שימוש בשמה ובסמליה המובהקים של סיעת הליכוד - כאירוע הקשור באופן ישיר ובלעדי עם הסיעה, שתרם להעמקת הקשר בין חברי הסיעה ולחיזוק הזדהותם של נבחרי הציבור מטעמה והתומכים בה. וכל זאת, בלי שהסיעה נשאה בהוצאות כלשהן בגין האירוע.
מאחר וסיעת הליכוד לא נשאה בעלויות האירוע, קבע מבקר המדינה כי בקיום "הליכודיאדה" קיבלה הסיעה תרומה אסורה שאינה עומדת במגבלות הקבועות בחוק ולאור זאת, הוטל עליה הקנס, באמצעות שלילת המימון בסכום של 350 אלף שקל.
"כשם שהסיעה היתה נדרשת לשאת בהוצאות אירוע שהיתה מארגנת בעצמה, לצורך העברת מסרים התומכים בה ובנבחריה ומאדירים את שמה, כך עליה לתת ביטוי בחשבונותיה לאירוע, גם אם אורגן בידי אחרים – קל וחומר כאשר הוא מאורגן על ידי גורמים הפעילים בסיעה עצמה", ציין שפירא, בתגובה לטענת סיעת הליכוד, שהאירוע לא אורגן על ידה ולא היתה לה השפעה על קיומו.
מסיעת "שלומי אמונים" נמסר: "זו הפעם הראשונה שהדבר נעשה בתום לב ובחוסר מודעות, ועל כך אנחנו משלמים קנס".
שפירא החליט עוד לשלול סכום של 137 אלף שקל מהמימון של סיעת ישראל ביתנו בראשות שר הביטחון, אביגדור ליברמן. ההחלטה התקבלה, לאחר שמהביקורת עלה שבכמה מקרים הופקדו דמי חבר במזומן ובמרוכז עבור עשרות ואף מאות אנשים שונים באותו יום ולעיתים אף באותה שעה. שפירא ציין עוד כי הביקורת גם העלתה אין התאמה בין מספר טופסי ההתפקדות ובין רשימות המתפקדים המצויות בתיקי הסיעה. בנוסף, לא היתה התאמה בין הכנסות הסיעה מדמי החבר, כפי שנכללו בחשבונותיה לבין רשימות המתפקדים וטופסי ההתפקדות, כך שלא ניתן לזהות מקור חלק מהכנסות הסיעה מדמי חבר.
מסיעת יש עתיד בראשות ח"כ יאיר לפיד נשלל מימון בסך של 100 אלף שקל. מבקר המדינה ציין בדו"ח, הסיעה לא הקפידה לשמור את כל הפירוטים והאסמכתאות הנוגעים להוצאות שכללה בחשבונותיה, בגין כנסים ואירועים ובגין העסקת חלק מנותני השירותים. הביקורת העלתה עוד כי הסיעה לא כללה בחשבונותיה את שכר עובדי הצוות הפרלמנטרי של הסיעה בכנסת.
לעומת זאת, שפירא נתן דו"ח חיובי לסיעות העבודה, כולנו בראשות שר האוצר משה כחלון, דגל התורה, האיחוד הלאומי, מרצ בראשות ח"כ זהבה גלאון, ש"ס בראשות אריה דרעי וחד"ש.
מזכ"ל מרצ, ח״כ מוסי רז, אמר בתגובה לדוח: "בימים של שחיתות המאכלת כל חלקה טובה בתרבות הפוליטית בישראל, מרצ מוכיחה שוב את ניקיון הכפיים והמנהל התקין שלה. דו"ח מבקר המדינה שפורסם היום מעלה כי התנהלות המפלגה - ללא רבב. שחיתות לא מתרחשת בין לילה, והיא חלק אינטגרלי מהתרבות הארגונית של המפלגה. התנהלות תקינה מעידה על המחויבות של המפלגה כלפי הבוחרים שלה, וכלפי הערכים שהיא מייצגת. אני שמח להיות חלק ממפלגת מרצ, שלאורך כל שנותיה לא מצא מבקר המדינה פגם אחד בהתנהלותה".
בדו"ח שפרסם שפירא גם נמתחת ביקורת על התופעה של מימון גירעונות בהיקפים של עשרות מיליוני שקלים, שהצטברו בבחירות לכנסת באמצעות המימון השוטף הניתן למפלגות. בשנים 2016-2015 הסתכמו הכנסותיהן השוטפות של הסיעות ממימון ממלכתי בסכום של כ-169 מיליוני שקלים. הכנסות שוטפות נוספות מדמי חבר ומתרומות הסתכמו בכ-34 מיליוני שקלים.
"לנוכח התנהלות הסיעות בתקופת הבחירות, נמנעת האפשרות להשתמש בכספי המימון השוטף, או חלק גדול ממנו, למטרה שלה יועדו כספים אלה על פי חוק – שמירה של הסיעות על קשר ארגוני ורעיוני עם הציבור באופן רציף ובמהלך התקופות שבין הבחירות", מתריע שפירא - "לא זו אף זו, בו בזמן שהסיעות יוצרות מצג כאילו כספי ציבור אלה ישמשו למטרתם על פי חוק. הן פועלות באופן שהן מגדילות לעצמן את המימון המשמש בפועל להוצאות הבחירות. זאת, מעבר למימון הציבורי האמור לשמש למטרה זו על פי חוק ותוך פגיעה בשוויון מול רשימות מועמדים אחרות המוגשות על ידי מפלגות שאינן מיוצגות בכנסת".
התרעות פיקוד העורף