חפץ, בשיחות עם מקורביו, הביע תרעומת על כך שראש הממשלה ניסה לדחות שוב ושוב את חקירתו, שהתקיימה בסופו של דבר ביום שישי, תוך שהוא יודע שהמשטרה לא תאפשר את שחרורם שלו ושל שאול אלוביץ' בטרם ייחקר.
"הוא ניסה לעשות הכל כדי לדחות את החקירה, ולא התחשב בנו", אמר חפץ למקורביו, והוסיף: "גם כשהתרענו על תנאי המעצר הוא פשוט התחשב רק בעצמו, וזה מוטט אותי. עזבתי אותו ב-2017 לאחר שלא יכולתי יותר לשאת את העובדה שהוא משתלח שוב ושוב במשטרה. מעבר לכך, לקבל החלטות תוך התחשבות ברצונותיו או חשיבותיו של בנו יאיר, זה לא היה מקצועי לטעמי, ולעתים אף סיכן את ביטחון המדינה".
עוד סיפר עד המדינה כי בהתייחס לתאגיד השידור הייתה לנתניהו "עמדה נחרצת. הוא רצה פשרה, אך אז נחשף להשתוללות של בנו יאיר, ואז שינה את דעתו. התחלתי להבין והאישה מנהלים אותו, ובעצם מנהלים את המדינה. הם אלה שעומדים לו לרועץ".
יש הטוענים כי התבטאותו של חפץ בנושא ביטחון המדינה התייחסה להחלטתו של ראש הממשלה, בניגוד לעמדת המשטרה, להסיר את עמדות הבידוק בכניסה להר הבית בתקופת ההתפרעויות לאחר הפיגוע הרצחני בו קיפחו את חייהם שני לוחמי מג"ב. "זה היה נראה הזוי, שעה שיממה לאחר שהתקבלה ההחלטה להציב את עמדות הבידוק, התקבלה החלטת להסירן. אף אחד לא ידע מי עומד מאחורי ההחלטה. מסתבר שהשיקולים לא היו מקצועיים ואפילו נוגדים את עמדות השב"כ באותם ימים".
ראש הממשלה בנימין נתניהו מסר בתגובה: "הדברים שיוחסו לניר חפץ ביחס לשרה ויאיר נתניהו הם שטויות. כבר למעלה מ-7 שנים שניר חפץ ממודר לחלוטין ממידע מודיעיני, מדיני או ביטחוני, ומקבלת החלטות בתחומים אלה. לכן הדברים שיוחסו לו משוללים כל יסוד".
התרעות פיקוד העורף