סגן שרת החוץ של רואנדה, אוליבייה נדוהונגירהה, כתב הלילה (חמישי) בציוץ שפרסם בחשבון הטוויטר שלו כי הוא הופתע מדבריו של ראש הממשלה בנימין נתניהו, שטען כי "הקרן החדשה לישראל" עמדה מאחורי החלטת ממשלת רואנדה לסגת מההסכם לגירוש המסתננים מישראל. "אני מופתע ביותר מההצהרה הזו. ההפתעה שלי היא לא רק מפני שרואנדה בכלל לא מכירה את הקרן החדשה, אלא על רקע ההנחה שניתן לחשוב כי ארגון זר יכול להפעיל לחץ על ממשלת רואנדה".
דבריו של הבכיר בממשלת רואנדה נאמרו בתגובה לאלו של נתניהו, כאמור, שתקף שלשום בחריפות את הקרן, וזאת בעקבות לחץ שהפעילה, לכאורה, על ממשלת רואנדה שלא לקבל מסתננים מישראל. בהודעה בחשבון הפייסבוק שלו, אף הודיע ראש הממשלה כי בכוונתו לפנות ליושב ראש הקואליציה, דודי אמסלם, ולבקש ממנו להקים ועדת חקירה פרלמנטרית לבחינת פעילות הקרן.
בפוסט כתב נתניהו כי"הגורם המרכזי שהפעיל לחץ אירופי על ממשלת רואנדה לסגת מההסכם להוצאת המסתננים מישראל, זוהי הקרן החדשה לישראל", והוסיף כי "הקרן החדשה היא ארגון זר שמקבל מימון מממשלות זרות ומגורמים עוינים לישראל, כמו הקרנות של ג׳ורג׳ סורוס. מטרת העל של הקרן היא מחיקת הצביון היהודי של ישראל והפיכתה למדינת כל אזרחיה, לצד מדינת לאום פלסטינית נקייה מיהודים בקווי 67׳ שבירתה ירושלים".
I am extremely surprised by this statement. My surprise comes less from the fact that #Rwanda doesn’t even know what this @NewIsraelFund is all about, but more from the assumption that a foreign NGO can successfully impose any pressure on a sovereign government named @RwandaGov. https://t.co/VxqphzsBJz
— Amb. Olivier Nduhungirehe (@onduhungirehe) April 4, 2018
נתניהו האשים עוד את הקרן החדשה בתמיכה בארגונים אנטי ציוניים, ואף בתמיכה במחבלים. "מזה עשרות שנים הקרן מממנת ארגונים אנטי ציונים ופרו פלסטינים, ביניהם כאלה שמוציאים את דיבתם של חיילי צה״ל כמו 'שוברים שתיקה' ו'בצלם' וכאלה שנלחמים למען מחבלים פלסטינים כמו ארגון 'עדאלה", אמר ראש הממשלה.
מלבד זאת, הוא טען כי הוא "לא מכיר אף דמוקרטיה מערבית, ובמיוחד ארה״ב, שלאורך זמן הייתה מוכנה לסבול פעילות עוינת הממומנת על ידי מדינות זרות, כפי שקורה כאן בישראל עם הקרן מזה עשרות שנים".
בעקבות דבריו, תנועת הימין "אם תרצו" קראה להוציא את הקרן מחוץ לחוק. יו"ר התנועה מתן פלג אמר כי "אנו מברכים את החלטתו החשובה של ראש הממשלה לבחון את התנהלות הארגון הפוליטי הזר "הקרן לישראל החדשה". אין בעולם הדמוקרטי אח ורע לתופעה שבה ארגון פוליטי זר פועל כאופוזיציה לוחמת וגלויה במדינה המארחת אותו. הן נגד ממשלה נבחרת והן להתססת החברה ולהכפשת חייליה. כפי שאמרנו בתקופה האחרונה פעם אחר פעם, אין מנוס מלהוציא מן החוק את הארגון הפוליטי הזר והחתרני הזה ממדינת ישראל".