בנוסף, הרב הצבאי לא יהיה נתון למרות מפקדיו בענייני הלכה, אלא כפוף להחלטות מועצת הרבנות הראשית לישראל ואף צריך להיות בעל סמיכה לרבנות מטעמה. עוד מבקשת הצעת החוק לקבוע כי הרב הצבאי הראשי ימונה על ידי שר הביטחון בהתייעצות עם וועדה מקצועית המונה חמישה חברים בהם שלושה רבנים (הרב הראשי - יו"ר הוועדה, רב צבאי לשעבר וראש ישיבת הסדר) יחד עם ראש אכ"א ונציג ציבור שתמנה הממשלה.
בדברי ההסבר לחוק נכתב: "מטרתה של הצעת חוק זו היא להסדיר את דרכי מינויו של הרב הצבאי הראשי, לקבע את מעמדו כחבר קבע בפורום מטכ"ל, כשווה בין שווים בין אלופי צה"ל וכבעל עצמאות הלכתית מקצועית. "מכיוון שבמדינת ישראל הסמכות ההלכתית נתונה על פי חוק לרב הראשי לישראל ולמועצת הרבנות הראשית שהרב הצבאי חבר בה, מוצע לקבוע כי בנושאים הלכתיים הרב הצבאי הראשי יהיה כפוף לפסיקותיה של מועצת הרבנות הראשית".
ד"ר יזהר הס, מנכ"ל התנועה המסורתית (קונסרבטיבית) בישראל, הביע התנגדות להצעה ואמר: "אם תעבור הצעת החוק - האם יוכל למשל הרב הראשי הצבאי לקבוע שפינוי ישובים מנוגד להלכה או שאסור לנשים לשרת בצבא, אם כך סבורה הרבנות הראשית?". לדבריו "ח"כ סמוטריץ' לא נח לרגע וממשיך במסעו לעבר מדינת הלכה. עכשיו הוא החליט לשנות את שרשרת הפיקוד דרגת אלוף, ולהכפיפו לא לרמטכ"ל אלא לרבנות הראשית שמרבית ראשיה - הם וילדיהם - מעולם לא שירתו בצבא. שום ערך ממלכתי אינו קדוש עבור סמוטריץ', וכעת הוא מבקש להעלות את הכיפה מעל לכומתה".
עוד הוסיף הס כי "ראש אכ"א הוא המפקד של הרבצ"ר, כמו שהוא מפקדם של קח"ר ושל היוהל"ן. כך צריך להיות. כפי שלא ראוי שקח"ר יהיה כפוף למשרד החינוך והיוהל"ן לשדולת הנשים, כך הרבנות הראשית הינה גורם חוץ צבאי שאין לו כל מעמד צבאי וגם לא נחוץ שיהיה".
התרעות פיקוד העורף