במקביל לכך, הגישה ישראל מחאה לממשלת פולין על פרסום המסמך בין שתי המדינות במודעות בעיתונים ישראלים, דבר שחשף את תוכנו והוביל לביקורת רבה שהוטחה על הממשלה. כזכור, הודעת ראש הממשלה על כך שהושגו הסכמות בין ממשלות ישראל ופולין לתקן את חוק השואה מלפני שבוע הובילה לאחר מכן לפרסום תוכנן ההסכם במודעות במספר עיתונים, ולאחר שתוכן ההסכם נחשף גורמים רבים בישראל מחו על ההסכם וטענו כי מדובר בכניעה לנראטיב הפולני.
בארגון "יד ושם", שבהתחלה בירך על ההסכם, ביקרו אותו לאחר פרסומו ואמרו: "הפרסום על כך שממשלת פולין תתקן את התוספת לחוק "המכון הלאומי לזיכרון" השנוי במחלוקת שאושר ב-26 בינואר שנה זו בסיים הפולני, עורר תקוות כי מדובר בהתפתחות חיובית וצעד בכיוון הנכון. בהמשך לכך פורסמה הצהרה משותפת לראשי ממשלות פולין וישראל, שבה הוכרז על מחיקת אותם סעיפים מהתיקון לחוק (55a ו-55b), שהגדירו כעבירה פלילית שדינה מאסר עד שלוש שנים על כל התייחסות פומבית - "בניגוד לעובדות ההיסטוריות" - כי המדינה הפולנית או האומה הפולנית היו אחראים ו/או שותפים באחריות "לפשעים הנאציים שבוצעו על ידי הרייך השלישי".
"בדיקה מעמיקה על ידינו מעלה כי בקביעות ההיסטוריות, שהוצגו כעובדות שאין עליהן עוררין, יש טעויות חמורות והטעיות, וכי גם לאחר ביטול הסעיפים המדוברים מהותו של החוק נשארה על כנה, ובכלל זה האפשרות לפגיעה ממשית בחוקרים, במחקר החופשי ובזיכרון ההיסטורי של השואה".
התרעות פיקוד העורף