הארגון הפילנתרופי של צוקרברג ואשתו אינו בנוי כארגון צדקה אלא כתאגיד בע"מ (LLC) עם מטרות צדקה. מקריאה חטופה בעמוד הפייסבוק של יוזמת צ'ן-צוקרברג, התאגיד מבקש ל"קדם פוטנציאל אנושי ולקדם שוויון".
הגדרת הארגון כתאגיד בע"מ מזכה את צוקרברג בהטבות מס מסוימות. מבקרים שונים אמרו כי מבנה החברה יכול לאפשר לצוקרברג לא לשלם מסים במכירת מניותיו האישיות בפייסבוק. על ידי תרומתן, צוקרברג מקבל הפחתה מיוחדת הנוגעת לצדקה המבוססת על ערך השוק ההוגן של המניות, כך טוען המגזין "פורבס", למשל.
בפוסט שכתב צוקרברג בפייסבוק ביום חמישי, הוא אמר כי הוא וצ'ן לא יקבלו אף הטבת מס מהעברת מניות ליוזמת צ'ן-צוקרברג. העברת המניות, לדבריו, "מאפשרת לנו לבצע את משימתנו יותר ביעילות", כך כתב בפוסט. "למעשה, אם נעביר את המניות שלנו לקרן צדקה, אנו נקבל הטבת מס מיידית, אבל על ידי שימוש בתאגיד בע"מ אנחנו לא. בדיוק כמו כולם, אנו נשלם מס על המניות כאשר הן יימכרו על ידי התאגיד".