במקביל, מנגנוני הביטחון במשרד הפנים שמנוהל על ידי חמאס ברצועת עזה, ממשיכים לחקור מאז יום שלישי שעבר את ניסיון החיסול, והחקירה כוללת ראשי שתי חברות הסלולר ברשות, "ג'ואל" ו"אל-ווטניה". משרדי שתי החברות ננעלו, מאחר ומנהלי החברות ברצועה סירבו להעביר את מספרי הטלפון שהתקשרו בעת מעבר השיירה והפיצוץ לאחריו בבית חאנון. גורמים במשרד הפנים הרצועה מסרו כי "התובע הכללי החליט לסגור את חברת 'אל-ווטניה', מאחר ומנהליה סירבו לשתף פעולה עם החוקרים". על פי החקירה, מי שפיצץ את המטען מרחוק, השתמש בסים של חברת הסלולר "אל-ווטניה".
גורמים ברצועה מסרו כי מנהלי חברת הסלולר הפלסטינית קיבלו הנחיה מרמאללה לא לשתף פעולה עם חוקריהם, ואילו מנהלי שתי החברות דרשו "צו מהתובע הכללי הלגיטימי בגדה המערבית" כדי להעביר את מסד הנתונים. יש לציין כי דובר מנגנוני הביטחון, גנרל עדנאן, דמירי דרש מ"חמאס" בדף הפייסבוק שלו, שעתיים לאחר ניסיון ההתנקשות, "לחקור את חבר הלשכה המדינית של חמאס פתחי חמאד, בכל הקשור לניסיון ההתנקשות, מאחר והוא שולט באזור צפון רצועת עזה". הוא הוסיף, כי "בשל ההסתה נגד הממשלה והעומד בראשה, זה אך טבעי שזרוע של חמאס תנסה לפגוע בו".
חמאס דוחה על הסף את ההאשמות, ומדגיש כי הם הניזוקים העיקריים מניסיון ההתנקשות המגונה הזה". חבר הלשכה המדינית מוסא אבו מרזוק אמר, כי "חקירות הפיצוץ בשיירה של ראש הממשלה הגיעה לתוצאות מוחשיות לגבי מי עומד מאחורי ניסיון ההתנקשות. הפיצוץ בא בנסיבות מוזרות לחלוטין". הוא תהה על עצם בואו בשיירה של ראש מנגנוני הביטחון ברשות הפלסטינית, גנרל מאג'ד פראג', עם ראש הממשלה שבסך הכל הגיע לחנוך תחנה לטיהור מי ביוב.
גורמים ברצועת עזה הביעו חשש, כי התקרית תנוצל עד תום על ידי הרשות הפלסטינית, שתביא "לחנק הרצועה ותושביה, עד כדי פיצוץ".
מפקד כוחות הביטחון ברצועת עזה, תאופיק אבו נעים, שאף הוא ניצל לפני כמה חודשים מניסיון התנקשות בחייו, אמר לפני כמה ימים כי "בידי מנגנוני הביטחון קצה חוט בפרשה", ורמז כי רק שיתוף פעולה של חברות הסלולר עשוי להוביל לפענוח תקרית ניסיון ההתנקשות בחייו של חמדאללה.
יש לציין, כי חברת הסלולר "ג'ואל" שיתפה פעולה עם מנגנוני הביטחון של חמאס מאז השתלטות הארגון על הרצועה ב-2007 ועד 2009 – אז קיבלה הנחיה לא לשתף פעולה עם "הממשל הלא לגיטימי של חמאס".
התרעות פיקוד העורף