פעילות של לוחמי ימ"מ של מג"ב במשטרה לפנות בוקר (חמישי) בג'נין, הובילה לחיסולם של שלושה פלסטינים, בהם שני אנשי מנגנוני הביטחון ומחבל, שהיה על פי החשד מעורב במספר אירועי ירי כנגד חיילים בשבועות האחרונים, האחרון שבהם בצומת איו"ש. במהלך האירוע נפתחה אש לעבר לוחמי ימ"מ, מאנשי הבסיס של מנגנוני הביטחון הפלסטיני. לוחמי הימ"מ השיבו אש ועל פי דיווחים פלסטיניים, חיסלו שלושה מהם.

בימים האחרונים התקבל מידע מודיעיני מבוסס מהשב"כ אודות שני מחבלים פלסטיניים שביצעו מספר פיגועי ירי לעבר חיילי צה"ל. הלילה ניתנה ההנחייה להיכנס לג'נין על מנת לשים את היד על שני המחבלים. לוחמי ימ"מ, חלקם סמויים וחלקם גלויים, איתרו את הרכב ובו שני המחבלים, ובעת שבוצע ירי לעברם, הלוחמים השיבו אש, חיסלו את אחד המחבלים ופצעו את שותפו לעבירות. בדיוק בשלב הזה, יצאו מהבסיס של מנגנוני הביטחון הפלסטיני (מודיעין) אנשי מנגנון ופתחו בירי לעבר לוחמי הימ"מ, וכאמור השיבו אש והביאו למותם של שניים מהם. 

מבירור ראשוני עלה כי אנשי מנגנון הביטחון הפלסטיני לא ידעו כי מדובר בלוחמי ימ"מ שביצעו פעילות מבצעית כנגד אותם מחבלים ופתחו באש לעברם. הלוחמים חזרו לבסיסם ללא נפגעים.

על פי הדיווח הפלסטיני, שלושה אנשי מודיעין פלסטינים נהרגו במהלך חילופי האש עם הכוחות משרד הבריאות הפלסטיני פרסם את שמותיהם של שני אנשי המודיעין: אדהם יאסר תופיק עליווי בן ה-23 ותייסיר מחמוד עות'מאן עיסה בן ה-33 ושמו של האסיר המשוחרר, ג'אמיל מחמוד אל-עמורי. לאחר התקרית, עשרות פלסטינים יצאו לרחובות במחאה על מותם של השלושה, כאשר נשאו דגלי פלסטין וקראו "אללה אכבר".