חקירת שב"כ ומשטרת ישראל, במקביל לתחקיר שירות בתי הסוהר הנוגעים לבריחתם של ששת האסירים הביטחוניים מכלא גלבוע, חשפו מחדלים שככל הנראה תרמו לאסירים להוציא את תוכניתם לפועל.
על בסיס חקירת שב"כ, לא נשללת האפשרות לפיה במשך חודשים ארוכים, זכריה זביידי מסר מידע מודיעיני מוטעה במכוון. בין היתר, הוא דיווח על כוונת אסירים ביטחוניים לדקור סוהר, מה שהוביל את אנשי שב"ס להיערך בהתאם. קרי, להימנע ממגע ישיר עם האסירים ושמירה על מרחק מהם.
העובדה שבשב"ס שמרו על מרחק מאותם האסירים, היא זו שאפשרה להם ככל הנראה את חופש הפעולה. שכן, ככל הנראה בתקופה זו בוצעה החפירה במנהרה, והאסירים יכולים היו להתנהל כמעט באין מפריע.
עוד מחדל שעלה מתוך החקירה הוא שתוכניות בניית הכלא פורסמו באתר בית הסוהר, מה שיצר נגישות ומידע חופשי לכל נקודה בכלא. אמש, נודע כי זביידי ביקש בעבר לעבור תא ובקשתו נענתה, בניגוד למדיניות הנהוגה. זאת, על אף שמדובר באסיר המזוהה עם ארגון פת"ח, שביקש לחבור לאסירים מארגון אחר.