במבצעים משותפים של חיל הים, אגף המודיעין, שב״כ ופיקוד הדרום, חוסלו במהלך החודשים האחרונים ובמהלך מבצע 'מרכבות גדעון' שישה מחבלים מרכזיים בקומנדו הימי של ארגון הטרור חמאס.
במסגרת מאמצי הלחימה בפיקוד הדרום, צה״ל ושב״כ פועלים נגד הכוח הימי של חמאס ומסכלים מטרות רבות, ובהן כלי שיט, מחסני אמצעי לחימה ואמצעים נוספים.