רשות המסים תשלם פיצויים עבור נזקים עקיפים תוך 7 עד 14 יום מיום ההגשה. הרשות פתחה את המערכת המקוונת להגשת תביעות נזק עקיף בגין מבצע "חרבות ברזל". המערכת מאפשרת לעסקים להגיש בקשה לפיצויים בגין הנזק הכלכלי שנגרם לעסק בשל תשלום הוצאות קבועות ותשלום שכר במהלך המבצע.
לפיצויים זכאים עסקים שנפתחו עד ה-31 במאי 2024, שמחזור עסקאותיהם בשנת 2023 הוא מ-12,000 ₪ ועד 400,000,000 ₪, ושיעור הירידה במחזור העסקאות שלהם הוא לפחות 25% למדווח חד-חודשי ו-12.5% למדווח דו-חודשי. תנאי נוסף הוא הגשת דוח תקופתי למע"מ לתקופת הזכאות ותקופת הבסיס, והגשת דוח ניכויים למאי-יוני 2024 אם יש עובדים בעסק.