משרד מבקר המדינה הגיב לדבריו החריפים של ראש הממשלה וכתב: "הדוח שפורסם היום מתמקד בניהול הממשלתי של התחום האזרחי במהלך מלחמת חרבות ברזל. תוצאות הפערים והכשלים בדוח זה באו לידי ביטוי באיכות המענה שסיפקה הממשלה לתושבי ישראל בשורה ארוכה של תחומים. על ראש הממשלה לפעול לתיקון הליקויים שפורטו בדוח".
"משרד מבקר המדינה מצוי בתהליכי ביקורות רבים בכל הנוגע לטיפול הממשלתי בתחומים האזרחיים, לצד ביקורות על ליבת הכשל שקדם לטבח 7.10. עם השלמתם הדוחות יתפרסמו לציבור".
"מבקר המדינה וצוותי הביקורת ימשיכו במילוי תפקידם הציבורי חרף ההתקפה מצד ראש הממשלה, יו"ר האופוזיציה וגורמים מבוקרים אחרים בעת האחרונה. ביקורת על פעולתם של כלל הדרגים - המדיני, הצבאי והאזרחי, תימשך כפי שהודיע המבקר מהרגע הראשון".