בדוח הביקורת גם נטען כי בהיעדר מיגון תקני במוסדות החינוך, נפגעה הרציפות התפקודית של בתי הספר וגני הילדים ובמקומות שנבדקו (אשקלון, בענה, גבעתיים וחולון) נאלצו ילדים ובני נוער ללמוד רק בחלק מימות השבוע, בתקופה שבין כשלושה שבועות לחודש ואף לחודשיים (בבתי הספר בבענה).
עם זאת, כזכור, עיריית גבעתיים החליטה במבצע חסר תקדים חודשים אחדים לאחר פרוץ המלחמה כדי למגן את כל מוסדות החינוך בתחומה, בפרויקט מורכב שעלותו מוערכת בכ-80 מיליון שקל, והיא הפכה לרשות המקומית הראשונה באזור המרכז שכל מוסדות החינוך בתחומה ממוגנים. גבעתיים הפכה למעשה לספינת דגל עבור רשויות מקומיות (מאחר והפרויקט בוצע לאחר הביקורת, הוא לא נכלל בדוח).
התרעות פיקוד העורף