במהלך תקופת התעסוקה המבצעית, מפקדת האוגדה יישמה את הניסיון המבצעי שצברה מהלחימה בכלל הגזרות במהלך השנים האחרונות, תוך התאמת והטמעת הלקחים מהתמרון בעזה ולבנון.
לאורך תקופת ההפעלה, החטיבות המרחביות יהודה ועציון, תחת פיקוד האוגדה, ביצעו יותר מ-1,500 פעילויות שונות לסיכול טרור במהלכן עצרו יותר מ-140 חשודים ואיתרו כ-35 נשקים, תוך מימוש מטרת הפיקוד בה טרור פוגש צבא ואזרח חי שגרה.
בתקופה זו, אוגדה 98 ואוגדת יהודה ושומרון פעלו בשיתוף פעולה הדוק, תוך קיום תהליכי למידה מבצעית הדדית ותרגולים משותפים. אוגדה 98 תהווה מעתה עתודה מטכ"לית ותעסוק בחיזוק מוכנותה לתרחישים נוספים.
התרעות פיקוד העורף