בדומה לבתי חולים נוספים ברצועת עזה, בית החולים נאצר שבחאן יונס משמש את ארגון הטרור חמאס. כך, למשל, הקומה השנייה בבית החולים משמשת כמפקדה צבאית של ארגון הטרור, כאשר אזרחים לא מורשים להיכנס אליה ויש עליה שמירה קפדנית, בהיותה משמשת את מפקדי הארגון, לרבות את מחמד אבו איסמאעיל. לאורך המלחמה בבית החולים "נאצר" הוחזקו עשרות רבות של חטופים, רבים מהם מקיבוץ נחל עוז ובניהם גם נשים, ילדים, מבוגרים ואזרחים זרים.
כמו כן, הוא היה אחראי על החזקתם בשבי של חטופים רבים לאורך המלחמה, בהם החטופים: נמרוד כהן, מתן צנגאוקר, עידן אלכסנדר, אברה מנגיסטו, אלוף-משנה אסף חממי ז"ל, סמל ראשון עוז דניאל וסרן עומר נאוטרה ז"ל.
לצד תקיפת אבו אסמאעיל, הותקפו גם מחבלים נוספים ששהו במתחם במבנה בית החולים, ובהם מוארד תופיק מחמוד אבו זריפה, ראש צוות במחלקת ההנדסה בפלוגת הסיוע הקרבי והמנהלתי, וחאלד אסאמה אבו ענזה, ראש מדור הקשר במחלקת המבצעים במטה המודיעין של ארגון הטרור חמאס.
המחבלים הותקפו מהאוויר להסרת האיום לאחר שהפכו את מתחם בית החולים נאצר למפקדה ולאחר שפעלו מתוכו לקידום עשרות מתווי טרור נגד כוחותינו ולשיקום בניין הכוח של החטיבה שספגה פגיעה קשה לאורך המלחמה.
טרם התקיפה ננקטו צעדי זהירות על מנת לצמצם ככל הניתן פגיעה במבנה בית החולים ובבלתי מעורבים. כמו כן, התקיפה בוצעה באופן ממוקד לחדר שממנו פעלו צבאית המח"ט והמחבלים.
בנוסף, טרם ביצוע התקיפה שב, הזהיר ודרש צה"ל להפסיק את הפעילות הצבאית בבית החולים, במספר הזדמנויות, לרבות בעת האחרונה. חרף האזהרות, הפעילות הצבאית בבית החולים לא פסקה.
התרעות פיקוד העורף