פנקס נולד בבולגריה בשנת 1935. אביו מת כשהיה בן שש, ובעיצומה של מלחמת העולם השנייה עלה לישראל עם אמו ואחיו. בצעירותו שירת בצה"ל ככתב צבאי בעיתון "במחנה", ובהמשך עבד בסוכנות ידיעות בינלאומית ושימש עורך בהוצאות הספרים "עם עובד" ו"ספריית פועלים".
את שיריו הראשונים החל לפרסם כבר בתחילת שנות ה-50, ובשנת 1961 יצא לאור ספר הביכורים שלו, "ארבעה עשר שירים". לאורך השנים פרסם יותר מעשרה קובצי שירה, בהם "ארוחת ערב בפרארה ושירים אחרים", "אל קו המשווה", "בתוך הבית" ו"הרצאה על הזמן".
שירתו של פנקס נודעה בכתיבה מאופקת וזהירה, שבמרכזה שאלות קיומיות, מתח פנימי ודיאלוג מתמשך עם העולם הקלאסי, המיתולוגיה, השירה האירופית ונופי הים התיכון. אף שלא השתייך לחבורה ספרותית מסוימת, הוא זכה להערכה רבה בקרב קוראים, מבקרים ואנשי ספרות, שזיהו בכתיבתו שכבות של רמזים ליצירות היסטוריות ולעולם העתיק.
בשנת 2005 זכה פנקס בפרס ישראל לשירה. בנימוקי הפרס הודגש החיבור ביצירתו בין העולם הישן לעולם החדש, לצד יכולתו ליצור בעברית שירה שכלתנית, מרוסנת ומעוררת רגש. שיריו תורגמו לשפות רבות, וחלקם גם הולחנו ובוצעו על ידי הרכבים מוזיקליים ניסיוניים.
פעילותו של פנקס לא הסתכמה בשירה. הוא עסק גם בתרגום ספרים ומחזות, כתב מאמרים על אמנות ישראלית וניהל שתי גלריות לאמנות בתל אביב. לאחר שהשתלם בספרות ובאמנות בלונדון, בפריז ובניו יורק, החל לפעול משנות ה-80 כיועץ וכמומחה לאמנות המאה ה-20, ועבד עם גלריות בארץ ובעולם.
התרעות פיקוד העורף