ההליכה בשביל הבונסאי מכניסה אותנו בהדרגה לעולם היפני. עצים קטנים אך רבי שנים מספרים סיפור של זמן אחר, של קצב איטי ושל בחירה מודעת בטיפול מתמשך. משם ממשיך המסלול אל גן האבנים היפני ולמזרקת מים שנבנו בשנת 2013 ונתרמו לגן הבוטני על ידי ארגון בודהיסטי יפני, אגון שו, כחלק ממסר של שלום. זהו גן יבש, המושתת על סימטריה, איזון וריק מכוון מרחב, שמבקש מהמבקר לעצור, להתבונן ולפרש.
הבנייה עצמה היא סיפור יוצא דופן. המבנה נבנה באופן מסורתי לחלוטין על ידי צוות יפני שכלל בנאים, נגרים, גגנים, רעפנים, מהנדסים ואדריכלים שהגיעו במיוחד מיפן. כל קורות העץ מהן נבנה הבית עשויות מעצי ברושית יפנית, הינוקי, שגדלו ביפן במשך כ-150 שנה. העצים נכרתו, עובדו לקורות ונבנו כמבנה שלם ביפן לאחר מכן פורקו והועברו לישראל במכולות. חלק מהמכולות היו מקוררות כדי למנוע מהעץ להתנפח ולשנות צורה.
הברושית היפנית שממנה עשוי הבית מפיצה ריח עדין ומבושם. זהו עץ חזק צפוף ועמיד בעל לחות טבעית שמעכבת בעירה ולכן נחשב מועדף בבנייה יפנית מסורתית. החלק המורכב ביותר בבנייה היה הקמת התשתית והעמדת העמודים. הרכבת הבית עצמו היתה פשוטה יותר ביחס לכך.
"זהו מבנה יחיד מסוגו בישראל ואין עוד כמותו בארץ. אך מעבר לייחוד האדריכלי הוא מציע דבר עמוק יותר רגע של שקט". בתוך מציאות ישראלית רועשת הבית היפני בגן הבוטני אינו מבקש לפתור סכסוכים אלא להציע מרחב אחר. כזה שמזכיר ששקט אינו היעדר רעש - אלא נוכחות של כוונה.