ועדת הפרס ציינה בנימוקיה כי פועלו של יעקב אגם מהדהד תרומה רבת שנים לאמנות הישראלית והבינלאומית זה שבעה עשורים. לדבריה, אגם פרץ את גבולות האמנות הפלסטית כפי שהייתה מוכרת וחידש שפות של אמנות קינטית ואמנות אופ ארט.
עוד ציינה הוועדה כי האלמנט החדשני המרכזי ביצירתו לאורך השנים הוא רעיון השינוי הפנימי הן בגוף היצירה עצמה והן מנקודת מבטו המשתנה של הצופה. יצירותיו משלבות אלמנטים חזותיים עם אלמנטים מוסיקליים בתנועה בחלל ובזמן ומשקפות מציאות דינמית ומתחדשת. יצירתו מבטאת תפיסה שלפיה האמנות חייבת להיות תנועתית ומשתנה כשם שהמציאות עצמה נבראת ומתעצבת ללא הרף. פרס ישראל הוא הפרס החשוב והיוקרתי ביותר הניתן במדינת ישראל. הפרסים יוענקו במוצאי יום העצמאות ה 78 למדינת ישראל.