במשרד התחבורה ובנת"ע ציינו, כי הפעלת הקו העילי נועדה לאפשר מענה תחבורתי חלקי, תוך שמירה על המשך תפקוד התחנות התת-קרקעיות כמחסות ציבוריים, המהווים מרכיב משמעותי בהגנה על תושבי המטרופולין, במיוחד באזורים בהם קיים מחסור במרחבים מוגנים. ההחלטה התקבלה לאחר היוועדות עם גורמי הביטחון ופיקוד העורף והובהר, שבמסגרת איזון בין הצורך להעמיד מקלטים זמינים לציבור, לבין החשיבות בהפעלת מערכת תחבורה ציבורית, גם אם באופן חלקי. בנוסף, התקבלה הההחלטה בהמש לשיח עם ראשי רשויות מקומיות, אשר הדגישו את הצורך בשימור תנועתיות עירונית בתקופה מורכבת זו.
עם זאת, ברשויות מקומיות גם ביקשו להמשיך במתכונת של הסבת התחנות התת קרקעיות למחסות בעת המלחמה. זאת, על רקע המחסור במרחבי מיגון באזורים הוותיקים. הערכות הן שאלפים משתמשים מידי לילה בתחנות רכבת קלה כמקלטים. בתום הישיבה סוכם, כי החל מיום שני בשעה 7.00, הרכבת תפעל בשני מקטעים מפוצלים מקטע דרומי – בין בת ים לתחנת אליפלט ומקטע צפוני בפתח תקווה מהתחנה המרכזית עד לתחנת שנקר. על פי המתווה שאושר, התחנות התת קרקעיות ימשיכו לשמש כמחסות ויהיו פתוחות בכל שעות היממה.
על פי ההנחיות לציבור הנוסעים בעת נסיעה במקטע העילי: כאשר נשמעת התרעה מקדימה – הררכבת מגיעה לתחנה הקרובה. הנהג כורז לנוסעים: "התקבלה התראת פיקוד העורף, יש להתפנות למרחבים מוגנים. הרכבת תמשיך בנסיעה לאחר סיום האירוע". כאשר נשמעת אזעקה: כל הרכבות במקטע העיי באזור האזעקה עוצרות (ללא חסימת צומת), פתיחת דלתות צד שמאל, הנהר כורז לנוסעים: "אזעקה – יש להתפנות למקוחם מוגן, או לשכב מתחת לגובה החלונות".
התרעות פיקוד העורף