הטיסה, שהמריאה מפרנקפורט והייתה בדרכה לסביליה, נראתה על פי העדים והנתונים כתנועה שגרתית ונטולת תקלות. יותר מ-200 נוסעים שהו במטוס, מסוג איירבוס A321, כאשר כחצי שעה לפני הנחיתה המתוכננת התרחש אירוע חריג במיוחד בתוך הקוקפיט.
לפי הדוח, הקברניט עזב את העמדה הקדמית לצורך ביקור בשירותים, לאחר שבחן את מצב הקצין הראשון, צעיר בן 38, ולא הבחין בשום סימן מקדים לבעיה רפואית. בזמן שהקברניט שהה מחוץ לתא הטייס, איבד הקצין את ההכרה בפתאומיות בעודו לבדו בתא, והמטוס המשיך לטוס במצב אוטומטי בלי מגע יד אדם.
כשחזר הקברניט וניסה להיכנס חזרה לקוקפיט, גילה כי אין מענה מצד עמיתו. הוא ניסה להזין את קוד הגישה לדלת הביטחון לא פחות מחמש פעמים, אך לא הצליח לפתוח את הדלת. גם ניסיונות אנשי הצוות ליצור קשר עם תא הטייס דרך מערכת האינטרקום עלו בתוהו.
למזלם, מערכת ההטסה האוטומטית של המטוס שמרה על יציבות הטיסה והמשך המסלול שתוכנן מראש, אך חוסר התגובה מצד תא הטייס עורר דאגה גוברת בקרב אנשי הצוות. רק כעבור שמונה דקות, לאחר שהקצין התעורר והתאושש, נפתחה הדלת והקברניט שב לעמדתו. מאז שהקברניט עזב ועד לחזרתו, חלפו כעשר דקות שבהן לא היה איש צוות פעיל על ההגאים.
על פי עדותו המאוחרת של הקצין הראשון לחוקרי הרשויות הספרדיות, הוא "איבד את ההכרה לפתע" ואינו זוכר דבר מהאירוע עצמו. הוא לא סבל ממחלה ידועה כלשהי, ולא דווח על נטילת תרופות. הדוח אינו קובע בשלב זה מה בדיוק גרם לאיבוד ההכרה, אך מציין כי יש צורך בבדיקות רפואיות נוספות לקצין הראשון, שבינתיים הושעה מטיסות.
בשלב זה, הרשויות באירופה לא הודיעו על צעדים רגולטוריים בעקבות המקרה, אך בלופטהנזה ציינו שיבחנו את הנהלים הפנימיים ויערכו הערכת סיכונים מחודשת. החברה מסרה שהטיסה הסתיימה בשלום לאחר נחיתה במדריד, שם הועבר הקצין הראשון לבדיקות רפואיות. כל נוסעי הטיסה המשיכו ליעדם לאחר עיכוב קל וללא פגיעות. חברת לופטהנזה טרם הגיבה לפרסום הדוח.
התרעות פיקוד העורף