המפללים הזעיקו את המשטרה וחוקרים שהגיעו למקום פתחו בחקירה לבירור נסיבות האירוע, לרבות איסוף מצצאים פורנזיים, ובסריקות בניסיון להתחקות אח חשודים. החקירה בראשיתה.
סגן שר הבריאות ח”כ יעקב ליצמן, הגיב לתאירוע ואמר כי "הלב מסרב להאמין נוכח הפגיעה הקשה וביזוי הקודש בבית הכנסת באיאן במודיעין עילית. המקרה הנורא מחייב חקירה דחופה כדי להגיע לפורעים שביצעו את הפשע". סגן שר החינוך, ישראל פרוש אמר כי "נבלה נעשתה בישראל, מזעזע וכואב לראות את ההצתה במזיד של ארון הקודש. אני נמצא בקשר עם מפקד המחוז משה ברקת שנמצא במקום, כדי לזרז את החקירה ולהגיע לפושעים שעשו את המעשה הנבזה הזה".
התרעות פיקוד העורף