ארכיאולוג נפת גליל עליון מזרחי ברשות העתיקות, אורי ברגר, אשר זיהה את הפגיעה לאחרונה, הגיש תלונה למשטרה בגין השחתת האתר, וחקירה נפתחה ביחידה למניעת שוד של רשות העתיקות.
לדברי ברגר, "אין סיבה נראית לעין או רעיון סדור שעומד מאחורי ריסוס הכתובות. נראה כי מדובר בוונדליזם עברייני והרסני של אנשים המגיעים לבית הכנסת העתיק ומשחיתים אותו במחי יד. זו לא הפעם הראשונה שהאתר הזה, ששימרה רשות העתיקות באופן מקיף רק לפני שנים אחדות, מושחת. יש קומץ תמהונים, שלכאורה בשם האמונה, פוגעים במורשת היהודית ששייכת לכולנו. פגיעה של זר בבית כנסת בחו"ל היא כואבת ומכעיסה, אך כאשר הדבר מתבצע על ידי אחד מבני עמנו, כאן בארץ ישראל, הדבר איננו נתפס."
מפקח רשות העתיקות אמר בתגובה: "אם זה לא חילול, אני לא יודע מה כן. אנשים גורמים נזק למורשת בלי להניד עפעף, וכולנו יוצאים נפסדים". בית הכנסת במירון הוא מהגדולים והיפים שבבתי הכנסת של הגליל העליון. הוא היווה מוקד עליה לרגל במשך מאות שנים ובמסורות היהודיות הגליליות הוא מקושר לביאת המשיח.
בשנת 2014 השקיע מנהל השימור של רשות העתיקות מאמצים רבים בשימור ושיקום בית הכנסת העתיק במירון, במימון פרויקט "ציוני דרך" של משרד ראש הממשלה. במהלך העבודות חוזקו המבנה, קירותיו והמגדל הצמוד אליו. כתובות הגרפיטי הישנות שרוססו במקום הוסרו מקירות וממזוזות המבנה, וצמחיית בר שהחלישה את שלמותו וחסמה מעברים, טופלה.
התרעות פיקוד העורף