הנשיא ריבלין צייץ בחשבון הטוויטר שלו: "הצטערתי לשמוע על פטירתו של הרב הלורד יונתן זקס ז''ל, איש הגות וספר, דרשן ויוצר מקורי, איש אמת, שרוחב דעתו ועומק ליבו חיברו לבבות רבים".
יו''ר האופוזיציה, ח''כ יאיר לפיד, כתב: "פעם אמרתי לו שהוא האיש היחיד שאשמח אם הוא יהיה הרבי שלי. הוא צחק והסכים לקחת על עצמו את התפקיד. היום נפטר הרב, הלורד והפילוסוף המופלא, יונתן זקס. הוא יחסר לעולם, ויחסר לי".
יושב ראש הסוכנות היהודית, יצחק (בוז'י) הרצוג צייץ גם הוא וכתב כי הרב זקס היה "חבר יקר. איש רוח בעל מעמד עולמי, יהודי וציוני גאה". עוד הוסיף הרצוג כי הוא מוסר את תנחומיו למשפחתו של הרב, ולקהילה היהודית בבריטניה.
לא רק בישראל הצטערו לשמוע על מותו של הרב זקס. בבריטניה, שם חי הרב ואף כיהן כרב הראשי, הגיבו למותו של מי שכונה על ידי הנסיך צ'רלס, "אור לגויים".
הרב שמואל ארונסון מקהילת סוטן שבלונדון אמר: "האחריות העם היהודי להיות אור לגויים, ולהציג מהי תורה אמיתית. הרב זקס, זכרון צדיק לברכה, היה הדוגמה לכך". למילותיו של ארונסון הצטרף בישוף העיר לידס, ניק ביינס שמסר על מותו של הרב כי מדובר ב"חדשות מאוד מאוד עצובות. ענק נפרד מאיתנו. תנחומי לחברינו היהודים ומעבר לכך, לכולם. אני חב לרב זקס חוב גדול מבחינה תרבותית, רוחנית ואינטלקטואלית. זהו הפסד עצום לבריטניה".
התרעות פיקוד העורף