בהמשך הושאל ל"מוסד" ושירת גם בו בתפקידי שטח מסווגים. ב-2016 מונה לראש מטה השב"כ, ב-2018 לסגן ראש השב"כ ואחר-כך לראש עצמו. באמתחתו מספר פרסי בטחון חסויים.
עד פברואר 2009 הוגשו נגד בן גביר 46 כתבי אישום, מתוכם הורשע בשמונה, בהם בעבירות התפרעות, השחתת מקרקעין, הפרעה לשוטר, החזקת חומר תעמולה לטובת ארגוני טרור, והסתה לגזענות ותמיכה בארגון טרור. כעבור שש שנים אמר שהוגשו נגדו עוד שבעה כתבי אישום, בהם זוכה. על פי נתונים אלו, הוגשו נגדו 53 כתבי אישום, מהם הורשע בשמונה.
בר עומד בראש ארגון שפועל יום ולילה להצלת חיים. במסגרת זו, הארגון הציל גם את בן גביר המאוים לא מעט פעמים בשנים האחרונות. בן-גביר עסק בזמן הזה בהשתלטות פוליטית על המשטרה והציף את ישראל במאות אלפי כלי נשק. בתקופתו חלה עליה תלולה בכל מדדי הטרור, הפשע והאלימות בישראל.
התרעות פיקוד העורף