חברת ארקיע הגישה עתירה מנהלית לבית המשפט לעניינים מנהליים נגד רשות שדות התעופה ומשרד התחבורה, בדרישה להסדיר את כלל פעילותה מטרמינל 1, ולא באופן מפוצל בין טרמינלים 1 ו-3 כפי שמתקיים כיום. החברה טוענת כי הפיצול הקיים מפלה אותה לרעה ביחס לחברות תעופה זרות, זאת למרות שחברות אלה השהו את טיסותיהן לישראל עם פרוץ המלחמה, בעוד ארקיע שמרה על רציפות הפעילות האווירית.
כיום, ארקיע נאלצת לפעול משני טרמינלים שונים, מה שמוביל לעלויות תפעוליות גבוהות. במקביל, חברות תעופה זרות שהפסיקו את פעילותן בישראל למשך למעלה משנה וחצי, ישובו לפעילות מלאה מטרמינל 1 – מצב בלתי סביר שמעמיד את ארקיע בעמדת נחיתות תחרותית קשה.