החקירה החלה ביולי 2015 לבקשת היועץ המשפטי לממשלה, לאור חשד כי לרנר פעלה בניגוד עניינים במסגרת תפקידה. במסגרת החקירה נגבו עדויות רבות, נתפסו מסמכים בהיקף נרחב ולרנר נחקרה באזהרה. עם סיום החקירה, גובשו ראיות לכאורה לפעילות בניגוד עניינים והעברת מידע שאינו נגיש לציבור לבעלה, איש יחסי הציבור אבי לרנר, לטובת עסקיו.
עו"ד רועי בלכר ממשרד גולדפרב זליגמן, בא-כוחה של גב' פרח לרנר, מסר בתגובה: "גב' לרנר היא עובדת ציבור מסורה, חרוצה וישרה, שעבודתה זוכה לשבחים רבים, הן של גורמים מכל גוני הקשת הפוליטית, והן של גורמים מקצועיים בכל משרדי הממשלה. החקירה בעניינה בנוגע לניגוד עניינים אפשרי נמשכת כבר שמונה חודשים, וזאת כאשר מלכתחילה לא היה מקום לבדיקת העניין במישור הפלילי. אין לנו ספק, שלאחר שהפרקליטות תלמד את תיק החקירה היא תגיע למסקנה שלא נפל רבב בכל התנהלותה של גב' לרנר".
כבר בתחילת החודש דווח כי החשדות העיקריים נגד לרנר מתמקדים במרמה והפרת אמונים, זאת למרות שבתחילה היה חשד גם לשוחד. בשנה שעברה החליט נציב שירות המדינה, משה דיין, להשעות את פרח לרנר מתפקידה, כמקשרת בין לשכת ראש הממשלה לכנסת, לתקופה של ארבעה חודשים. זאת לאחר שקיבל חוות דעת בעניין מפרקליטות המדינה.
כזכור, בני הזוג לרנר נחקרו באזהרה ביחידה הארצית לחקירות הונאה. יחידת להב 433 ערכה חיפוש בבתיהם ותפסה מחשבים ומסמכים. חקירת השניים נמשכה כשמונה שעות ובסיומה שוחרר הזוג בערבות, תוך איסור יצירת קשר עם מעורבים נוספים.