בהמשך למידע שהתקבל במשרד על כשמונים מוסדות חינוך שפעלו בניגוד לחוק והנחיות ההתגוננות – שלח היום (שני) משרד החינוך פקחים לבתי ספר ברחבי הארץ, כדי לוודא עמידה בהנחיות המחייבות. במוסדות שבהם אותרה פעילות חינוכית אסורה, כולם במגזר החרדי, ננקטו צעדים מיידיים: הוצאו צווי סגירה, והופסקה העברת תקציבים.
הפעולה בוצעה כלפי מוסדות חינוך הפועלים ביישובים רבים – ובהם ירושלים, בני ברק, טבריה, רחובות, מודיעין עילית וביתר עילית.
שר החינוך, יואב קיש ממפלגת "הליכוד" אומר הבוקר: "חיי ילדינו קודמים לכל. מוסד חינוכי שמפר את הנחיות פיקוד העורף – יטופל באופן מיידי ובאמצעים הברורים שמצויים בידי המשרד: שליחת פקחים, הוצאת צווי סגירה, ועצירת תקציבים. אין פשרות כשמדובר בביטחון התלמידים. זו אחריות לאומית – ואנו מפעילים את כל הכלים שברשותנו."
ממשרד החינוך נמסר: "נמשיך לפעול בנחישות, ובכלל זה להפעיל אמצעי אכיפה בכל מקרה שבו יתגלו חריגות מההנחיות המחייבות".
שר ירושלים והמסורת של ישראל מאיר פרוש מסיעת "יהדות התורה", אמר בתגובה "חינוך הוא הדבר היקר ביותר לעם היהודי, רוב רובם של המוסדות החרדיים לא נפתחו על ידי משרד החינוך אלא על ידי העמותות, וכשמשרד החינוך לא פותח אותם אין לו זכות לסגור אותם". עוד הוסיף כי החלטתו של שר החינוך יואב קיש ("הליכוד") "משקפת את הפטרונות בה נוהג איש שמנותק מאורח החיים החרדי כלפי הציבור החרדי".
תגובתו של פרוש: "איני בא להגן על מי שפועל בניגוד להנחיות פיקוד העורף אם שלא בסמוך למוסד יש פתרון לשעת חירום, ואני שב וקורא לכלל הציבור להישמע להנחיות שמצילות חיים. אך ההחלטה של השר יואב קיש, לסגור מוסדות חינוך משקפת את הפטרונות בה נוהג איש שמנותק מאורח החיים החרדי כלפי הציבור החרדי. חינוך הוא הדבר היקר ביותר לעם היהודי, רוב רובם של המוסדות החרדיים לא נפתחו על ידי משרד החינוך אלא על ידי העמותות, וכשמשרד החינוך לא פותח אותם אין לו זכות לסגור אותם.
"סעיף 32 לחוק פיקוח על בתי ספר קובע כי מנכ"ל משרד החינוך רשאי לצוות בכתב על סגירת בית ספר אם נוכח כי מתנהלת או נסבלת בו הסתה נגד המדינה. אשמח לסייר עם השר קיש במזרח ירושלים ולראות האם נסגרים כל בתי ספר בהם מתקיימת הסתה. כנראה שלדעתו של קיש, הסתה לטרור אינה מסכנת חיים".
לשכת שר החינוך יואב קיש מסרה בתגובה לפרוש: "פיקוח נפש דוחה הכול – אין פשרות כשחיי אדם מונחים על הכף. בניגוד לדברי השר פרוש, משרד החינוך יוודא כי כל מוסד חינוכי שמפר את הנחיות פיקוד העורף ומסכן את התלמידים וצוותי החינוך – יישללו לו התקציבים והוא ייסגר. השיוך המגזרי כלל אינו רלוונטי".