בג"ץ הבהיר כי אינו משמש רשות ערעור על פסיקות בית הדין הארצי לעבודה, והורה לשלם למורים את מלוא שכרם בהתאם לפסק דינו של בית הדין הארצי. בכך הותיר בג"ץ על כנו את העקרון שקבע בית הדין הארצי לעבודה, לפיו מעסיק לא יכול לנכות שכר שרירותית מעובדים שנקטו בעיצומים כפי שביקש לעשות האוצר.
הממונה על השכר ביקש להטיל מעין קנס על המורים על מנת להרתיע אותם מלקחת חלק בצעדים הארגוניים ולפגוע בכך בזכותם לפעול להגנה על זכויותיהם. ארגון המורים פנה מיד לבית הדין הארצי לעבודה, אשר אחרי ששמע את הצדדים קיבל את מלוא טענותיו וקבע כי המדינה לא הוכיחה שהשכר שהופחת הוא "שכר ראוי", או הולם את שווי העבודה שלא בוצעה וביטל את ההוראה של הממונה על השכר לנכות משכר המורים.